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Chromatin ImmunoPrecipitation Sequencing est une méthode utilisée pour analyser les interactions entre les protéines et l’ADN. Cette technologie combine l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), en utilisant des anticorps spécifiques d’une protéine d’intérêt et le séquençage haut débit.

Le ChIP seq permet de cartographier tous les sites de liaison sur l’ADN d’une protéine d’intérêt à l’échelle du génome. Par exemple, il est possible d’identifier toutes les régions génomiques associées avec une histone nucléosomale portant une modification biochimique (acétylation, méthylation, etc.) caractéristique de l’activité transcriptionnelle ou encore de définir les sites de liaison de facteurs de transcription (PJ Park et al. 2009).

Le principe de la méthode consiste à fixer de façon covalente les protéines liées à l’ADN par un traitement chimique, de fragmenter la chromatine, d’isoler des complexe ADN-protéines par immunoprécipitation en présence de l’anticorps d’intérêt. Une fois l’élimination des protéines et la purification, les fragments d’ADN obtenus sont séquencés.

Aujourd’hui, des méthodes ciblées dites in situ sans réticulation comme CUT&RUN (Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease) et CUT&Tag (Cleavage Under Targets and Tagmentation) remplacent de plus en plus le ChIP-seq.

Mise à jour : Août 2026