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Le séquençage au bisulfite à représentation réduite (RRBS) est une technique de laboratoire économique et à haut débit utilisée pour analyser la méthylation de l’ADN à l’échelle du génome avec une résolution au niveau d’un seul nucléotide. En combinant la digestion par des enzymes de restriction et la conversion au bisulfite, le RRBS enrichit les zones à forte teneur en CpG, telles que les promoteurs et les îlots CpG, réduisant ainsi le volume de séquençage nécessaire à une petite fraction du génome. https://www.nature.com/articles/nprot.2010.190

L’ADN génomique est coupé à l’aide d’une enzyme de restriction telle que MspI, qui reconnaît et clive des motifs CCGG spécifiques, quel que soit leur statut de méthylation. Les fragments sont triés par taille (on capture généralement les petits fragments d’environ 90 à 220 pb) afin de concentrer la bibliothèque sur les régions riches en CpG. Le traitement au bisulfite de sodium convertit les cytosines non méthylées en uracile (lu comme de la thymine lors du séquençage), tandis que les cytosines méthylées restent protégées et sont lues comme de la cytosine. Les bibliothèques sont ensuite séquencées à l’aide de plateformes telles qu’Illumina, et les lectures sont alignées sur un génome de référence afin de calculer les pourcentages de méthylation.

Cette méthode ne nécessite que 10 % à 20 % du volume de données de séquençage par rapport au séquençage au bisulfite du génome entier (WGBS) et permet de capturer la majorité des promoteurs, des corps de gènes et des îlots CpG où se produit une méthylation régulatrice critique ; cependant, un inconvénient majeur réside dans le fait que la couverture est limitée : environ 5 % à 10 % de tous les sites CpG des génomes de mammifères, ce qui exclut les régions situées en dehors des sites de restriction.

Mise à jour : Août 2026