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L’analyse des interactions ARN-protéines permet de mieux comprendre le devenir post transcriptionnel des ARNs (leur stabilité, leur localisation , leur transport, leur niveau/efficacité de traduction etc. ).  CLIP Seq (Crosss-Linking ImmunoPrecipitation Sequencing) est une méthode utilisée pour l’identification des sites cibles pour la liaison des protéines (RBP) sur l’ARN. Cette technologie combine l’immunoprécipitation de RBPs d’intérêt et le séquençage haut débit de l’ARN.

Le principe de la méthode consiste à fixer de façon covalente par irradiation aux ultra violets ou réaction enzymatique, les protéines RBPs à l’ARN. Après lyse cellulaire,  les complexes ARN-protéines sont isolés par immunoprécipitation en présence des anticorps d’intérêt. L’étape suivante consiste à éliminer les fragments libres d’ARN par digestion par une RNase. Après ligation des adaptateurs, élimination des protéines et purification , les sites d’interaction avec les RBPS sont séquencés par RNAseq.

Ce protocole complexe est détaillé dans C.Y. Flora et al. 2018

Les avancées ont profondément transformé ce domaine :

1. Résolution au nucléotide près : Des méthodes perfectionnées telles que eCLIP (enhanced CLIP) et iCLIP2 améliorent l’efficacité de la préparation des bibliothèques et identifient précisément les sites de liaison grâce à la tronquature de la transcription inverse ou aux mutations induites lors du cross-linking.
2. Méthodes sans anticorps et in vivo : Des technologies basées sur la proximité enzymatique (ex. TRIBE, APEX-seq) utilisent des protéines de fusion modifiant directement l’ARN adjacent dans des cellules vivantes sans immunoprécipitation.
3. Multi-omique et transcriptomique spatiale single-cell : L’intégration du CLIP-seq avec le séquençage sur cellule unique et la transcriptomique spatiale permet désormais de cartographier l’interactome RBP-ARN avec une résolution cellulaire et une localisation tissulaire sans précédent.

Ces innovations ouvrent de nouvelles perspectives en biologie fondamentale et pour la recherche thérapeutique ciblée (ARN messagers, thérapies géniques).

Mise à jour : Août 2026