Plateforme de séquençage de Toulouse– GeT-PlaGe

Analyses bio-informatiques

La plateforme génomique de Toulouse en partenariat avec la plateforme bio-informatique GenoToul de Toulouse a développé un site de mise à disposition des données brutes (nG6 : https://ng6.toulouse.inra.fr/).  Après séquençage, sont disponibles sur le site nG6 :

  • les séquences brutes et des qualités associées au format fastq, pendant 3 mois sur un espace de stockage sauvegardé
  • l’analyse primaire (rapport de séquençage et contrôle qualité (fastQC), recherche de contaminants).
  • l’alignement des lectures contre une séquence de référence (si applicable) et analyse du taux d’alignement par position.

GeT-PlaGe propose par la suite d’accompagner les équipes de recherche pour l’assemblage de petits génomes à partir de lectures longues, et ce, de la définition du projet au rendu du résultat (assemblage et métriques sur la qualité de l’assemblage). GeT-PlaGe met aussi à disposition de ses utilisateurs un parc d’ordinateurs disposant des logiciels permettant d’analyser les données qui sont produites sur ses appareils (hors NGS). Les logiciels permettant l’analyse des données NGS sont disponibles sur l’infrastructure de la plateforme bioinformatique.

L’avenir à GeT-PlaGe

Pour répondre à la demande des équipes de recherche des domaines de l’agronomie et de l’environnement, GeT-PlaGe et la plateforme bio-informatique ont monté le projet SeqOccIn (Projet Région FEDER 2019-2021) pour le développement de nouvelles méthodologies.

A terme, de nouvelles expertises seront accessibles à l’ensemble de la communauté, voici une liste non exhaustive :

  • Hi-C pour l’amélioration de l’assemblage et métagénomique
  • ARN direct via la technologie Long reads
  • Extraction d’ADN de haut poids moléculaire
  • Epigénétique sur ADN et ARN natifs
  • Combinaison de technologies en vue du meilleur assemblage

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