Une structure mutualisée au service de la communauté scientifique

Les enjeux

Les sciences du vivant ont largement bénéficié ces 20 dernières années du développement spectaculaire des technologies de séquençage des génomes, qui rendent l’acquisition de données plus rapide, plus facile et à des coûts beaucoup plus bas. Ceci se traduit aujourd’hui par des découvertes et des progrès hors de portée il y a quelques années, dans toutes les disciplines (biologie, médecine, agronomie, biodiversité et environnement.).

Face à cette évolution, la recherche française doit pouvoir conserver son indépendance et la propriété de ses résultats, et pour cela continuer à être compétitive et performante dans un contexte international fortement concurrentiel.

L’infrastructure

Créée grâce à un financement « Investissements d’Avenir » dans le cadre du projet «Infrastructures nationales en biologie et santé», FRANCE GENOMIQUE est une infrastructure née de la volonté de renforcer et de placer à la pointe de l’état de l’art les capacités françaises dans le domaine de la génomique à haut débit et de la bioinformatique associée, ceci en termes d’équipements, de compétences et d’innovation.

Une gouvernance intégrée

FRANCE GENOMIQUE est une UMS (Unité Mixte de Service : CNRS 3628-INRA 1396- Inserm 026) qui regroupe les quatre principaux organismes de recherche publics français : CEA, CNRS, INRA et INSERM. Sa gouvernance est certifiée ISO9001-2015 depuis Janvier 2019.

L’infrastructure FRANCE GENOMIQUE rassemble la majorité des plateformes de séquençage et de bio-informatique françaises au sein d’un consortium coordonné par le CEA. Elle intègre ainsi à l’échelon national des compétences complémentaires et reconnues d’analyse génomique (séquençage/génotypage et traitement bio-informatique) pour attirer de projets nationaux (recherche publique ou industrielle) et internationaux.

A la pointe de l’innovation

Par ailleurs, ses programmes coordonnés de veille, d’évaluation et de développement permanents des nouvelles méthodologies et technologies de séquençage et de bio-informatique permettent à FRANCE GENOMIQUE de mettre à la disposition de la communauté scientifique une expertise et des capacités qui seront en permanence à la pointe de l’état de l’art international pour le séquençage à haut débit et le traitement des données qui en sont issues. Ainsi FRANCE GENOMIQUE fonctionne à la fois comme développeur d’approches innovantes et comme un collaborateur/prestataire de service pour les projets de la communauté scientifique.

Des missions d'accompagnement et d'expertises au service de projets ambitieux

FRANCE GENOMIQUE a pour mission de proposer à la communauté scientifique publique et privée l’accès aux meilleures plateformes françaises, un accompagnement des projets, le plus haut niveau d’expertise et de compétences mutualisées ainsi que la possibilité de participer à des projets ambitieux au niveau national et international.

L’infrastructure FRANCE GENOMIQUE fournit à la communauté scientifique française publique ou privée :

  • une expertise de pointe en génomique et en bio-informatique associée, indispensable pour constamment rester en phase avec l’évolution extrêmement rapide des technologies
  • des services compétitifs en génomique et bio-informatique : la proximité entre les utilisateurs et une infrastructure « experte » permet de garantir que l’exploitation scientifique des données produites sera optimale
  • la possibilité de mener à bien des projets ambitieux, à haute valeur ajoutée scientifique et à forte visibilité internationale, en exploitant l’expertise et les capacités de l’infrastructure.

Une gouvernance certifiée

FRANCE GENOMIQUE a mis en place une gouvernance, composée de plusieurs comités dont les membres représentent les parties fondatrices d’une part,  et d’autre part les membres en charge son fonctionnement.

Dans un souci de rigueur et de traçabilité de ses actions, la gouvernance de FRANCE GENOMIQUE a obtenu la certification ISO9001 en Janvier 2019, démontrant ainsi la plus-value de la gouvernance sur le fonctionnement de l’infrastructure.

La direction de France Génomique s’est organisée autour du Comité Exécutif composé de 7 membres au sein duquel sont représentées les institutions les plus impliquées dans le projet (CEA, INRA, CNRS). Ses membres proviennent des plateformes de séquençages nationales (Evry) et régionales ainsi que de la communauté bio-informatique. Le comité est chargé de la mise en place de l’infrastructure, il définit sa politique générale, ses orientations et assure son fonctionnement.

Les membres du Comité de Surveillance sont les Présidents (ou leurs représentants) des quatre principaux organismes publics de recherche (CEA, CNRS, INRA et Inserm), ainsi que les co-encadreurs de l’UMS France Génomique. Ce comité supervise la politique de recrutement, la stratégie d’investissement et les orientations scientifiques, en collaboration avec le comité scientifique. . Il est informé des décisions prises par le comité exécutif et a le droit de veto.

Le comité scientifique international (Scientific Advisory Board -SAB) est composé d’experts internationaux dans le domaine de la génomique et de ses applications, nommé par comité exécutif . Il est chargé d’évaluer les grandes orientations scientifiques et les choix technologiques de FRANCE GENOMIQUE.

Renouvelé en 2021, le SAB réuni :

Heulin Thierry – President

LEMiRE UMR 7265 BIAM, CEA-CNRS- University Aix-Marseille, France

Gabaldón Toni

Barcelona Supercomputing Centre (BSC-CNS), and Institute for Research in Biomedicine (IRB), Spain

Gilson Eric

IRCAN University Côte d’Azur, France

Orlando Ludovic

Centre for Anthropobiology & Genomics of Toulouse (CAGT), CNRS- University of Toulouse, France

Raes Jeroen

VIB – Centre for Microbiology, Rega Institute, Belgium

Prof Tournier-Lasserve Elisabeth

CERVCO, AP-HP Lariboisière- Fernand Widal, France

Van Duijn Cornelia

Nuffield Department of Population Health, University of Oxford, UK

Watson Mick

The Roslin Institute and Royal (Dick) School of Veterinary Studies, University of Edinburgh, UK

Woyke Tanja

Joint Genome Institute, DOE  Office of Science User Facility, USA

Le comité scientifique d’évaluation des projets est composé de deux sous-comités : Génétique humaine & santé, d’une part et Biodiversité, d’autre part. Il est responsable de l’évaluation et de la sélection des projets soumis à l’infrastructure par la communauté.

Composition du comité scientifique génomique humaine et santé

Président : Florent Soubrier

Génétique et maladies cardiométabolique
AP-HP INSERM ICAN, Paris

Corinne Antignac

Génétique et néphropathie
AP-HP INSERM, Paris

Olivier Delattre

Génétique et biologie des cancers
INSERM, Institut Curie Paris

Emmanuelle Genin

Génomique Fonctionnelle et Biotechnologies
INSERM CHU, Brest

Cécile Julier

Génétique des Diabètes
INSERM, Paris

Jocelyn Laporte

Médecine translationnelle et neurogénétique
IGBMC, Strasbourg

Jean-Jacques Panthier

Génétique fonctionnelle de la souris
Institut Pasteur, Paris

Antonio Rausell

Bioinformatique clinique
Institut Imagine INSERM, Paris

Richard Redon

Génomique et Bioinformatique Institut du thorax
INSERM CHU, Nantes

David Tregouët

Génomique et pathophysiologie des maladies cardiovasculaires
INSERM ICAN, Paris

Composition du comité scientifique génomique biodiversité

Président : Thierry Heulin

Génomique Microbienne
Institut de Biologie Environnementale et de Biotechnologie, CEA, Cadarache

Philippe Bertin

Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie
Université de Strasbourg, CNRS, Strasbourg

Didier Boichard

Génétique animale et Biologie intégrative
INRA, Jouy en Josas

Dominique Brunel

Polymorphisme des génomes végétaux
INRA, Evry

Jean-Michel Claverie

Biostatistique, Genomique et Microbiologie
CNRS, Marseille

Jean-Michel Drezen

Biologie de l’insecte
CNRS, Tours

Christophe Hitte

Génétique et Développement
CNRS, Rennes

Daniel Kahn

Ecologie Microbienne
INRA, Lyon

Hélène Lucas

Génétique et amélioration des plantes
INRA, Paris

Emmanuelle Maguin

Microbiote intestinal
INRA, Paris

Manuel Michaël

Evolution
Institut de biologie, Sorbonne, Paris

Michel Gurvan

Génomique bactérienne
CNRS, Roscoff

Christophe Plomion

Ecologie et Génomique Fonctionnelle chez les arbres forestiers
INRA Bordeaux

Fabrice Roux

Génomique écologique de l’adaptation dans les communautés végétales
INRA, Toulouse

Jean-Luc Souciet

Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, Université de Strasbourg
CNRS, Strasbourg

Linda Sperling

Organisation, évolution et stabilité des génomes
CNRS, Paris

Alain Vignal

Génétique et physiologie des systèmes d’élevage
INRA, Toulouse

Michel Werner

Biologie des génomes
Institut Jacques Monod, Paris

Un contexte international

Dans le cadre de sa mission, FRANCE GENOMIQUE doit affirmer le positionnement de ses activités dans le contexte international à travers les projets que l’infrastructure soutient, mais aussi par des collaborations avec des entités internationales scientifiques ou de promotion de la recherche génomique.

Global Alliance for Genomics and Health

L’Alliance mondiale pour la génomique et la santé (Global Alliance for Genomic and Health, GA4GH) a été créée pour aider à accélérer le potentiel de la médecine génomique afin de faire progresser la santé humaine. Elle regroupe plus de 400 institutions de premier plan travaillant dans la santé, la recherche, la sensibilisation à la maladie, les sciences de la vie et les technologies de l’information. Les partenaires de l’Alliance mondiale travaillent ensemble pour créer un cadre commun d’approches harmonisées pour permettre le partage responsable, volontaire et sécurisé des données génomiques et cliniques.

Depuis le 17 mars 2017, France Génomique est un membre organisationnel de G44GH.

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