Regulome

L’ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) est une méthodologie de choix pour identifier les régions de chromatine ouverte, positionner les nucléosomes et analyser l’occupation des facteurs de transcription (TF).

Le principe repose sur l’utilisation d’une transposase Tn5 hyperactive pour fragmenter et taguer simultanément l’ADN accessible (tagmentation). Protocole rapide et sensible, il nécessite néanmoins une préparation délicate pour préserver la structure de la chromatine.

L’émergence du scATAC-seq (single-cell ATAC-seq) a marqué une révolution en transposant cette démarche à l’échelle de la cellule unique. En capturant l’hétérogénéité cellulaire au sein de tissus complexes, le scATAC-seq permet de cartographier les paysages épigénétiques de sous-populations rares et de reconstituer les trajectoires de différenciation.

Récemment, l’intégration multi-omique sur noyau unique (multiomics / multi-seq) a franchi un cap majeur. Les technologies combinant scATAC-seq et snRNA-seq (single-nucleus RNA sequencing) sur un même noyau permettent d’associer directement l’accessibilité de la chromatine à l’expression génique correspondante. Ces approches conjointes clarifient la dynamique entre les régions régulatrices (enhancers, promoteurs) et la transcription des gènes cibles, offrant un profil épigénomique et transcriptomique intégré d’une précision inédite.

Mise à jour : Août 2026