Plateforme de séquençage de Strasbourg
Expertise
- Etude des génomes, de leur expression et de leur régulation.
- Séquençage haut débit Illumina : ChIP-seq, RNA-seq, small RNA-seq, DNA-seq (exomes, régions ciblées), ATAC-seq, MEDIP-seq. Pour le RNA-seq, nous proposons un large éventail de protocoles s’adaptant aux différentes qualité et quantité d’échantillons de départ et aux différents objectifs de ces analyses.
- Analyses sur cellules uniques : RNA-seq et Q-PCR
- Q-PCR haut débit
- Services complets allant de l’aide à la conception de l’expérience jusqu’à l’analyse des résultats obtenus, en suivant des procédures standardisées.
Equipements
- Séquençage haut débit : Hiseq4000 Illumina
- Nanofluidique haut débit : 10X Genomics Chromium Controller, Fluidigm Biomark et C1 Single-Cell Auto Prep systems
- Contrôle qualité : Flash Reader Varioskan, Qubit 2.0 Fluorometer, 2100 Bioanalyzer Agilent et Fragment Analyzer AATI
- Sonicateur : E220 AFA system Covaris
- Infrastructure informatique : calcul (Dell) : 304 cœurs, stockage (Isilon) : 325 To
Analyses bio-informatiques
Support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (ChIP-seq, RNA-seq, small RNA-seq, DNA-seq, ATAC-seq, MEDIP-seq), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, en collaboration avec les porteurs de projets. Nous avons notamment développé des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données de DNA-seq, RNA-seq et ChIP-seq, en utilisant des outils publiques ou développés par la plateforme.
Organisation et animation régulière de formations en analyse de données de séquençage haut débit.
Accès et formations à GalaxEast (http://www.galaxeast.fr/), instance locale de Galaxy ouverte à la communauté scientifique.

Principales réalisations
Les membres de la plateforme sont co-auteurs de 45 publications entre 2016 et 2018 (portant principalement sur des projets de ChIP-seq, RNA-seq, DNA-seq et d’analyses intégratives de données issues de plusieurs de ces applications).
Au cours de ces deux dernières années, la plateforme a travaillé sur environ 300 projets par an (correspondant chaque année à plus de 4000 librairies pour lesquelles la plateforme a réalisé le séquençage et l’analyse primaire, plus de 1500 librairies de RNA-seq et 500 librairies de ChIP-seq préparées) et les bioinformaticiens de la plateforme ont analysé chaque année 160 projets.
MAJ : 30 juillet 2019

Certification qualité / Label/ Partenariat
La plateforme est certifiée ISO 9001 depuis janvier 2007 et NFX 50-900 depuis janvier 2016.
Plateforme IBiSA depuis 2008.
Plateforme partenaire de la fondation maladies rares depuis 2011.

Responsables de la Plateforme
Comité scientifique :
Irwin Davidson, Philippe Kastner, Gérard Gradwohl et Jamel Chelly
Responsable opérationnel :
Christelle Thibault-Carpentier
Plateforme GenomEast
IGBMC UMR 7104 CNRS-Université de Strasbourg-INSERM U1258
1, rue Laurent Fries
67404 ILLKIRCH Cedex, France
Contacts
Christelle Thibault Carpentier
thibault@igbmc.fr