Equipements

Analyses bio-informatiques

Support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (ChIP-seq, RNA-seq, small RNA-seq, DNA-seq, ATAC-seq, MEDIP-seq), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, en collaboration avec les porteurs de projets. Nous avons notamment développé des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données de DNA-seq, RNA-seq et ChIP-seq, en utilisant des outils publiques ou développés par la plateforme.

Organisation et animation régulière de formations en analyse de données de séquençage haut débit.

Accès et formations à GalaxEast (http://www.galaxeast.fr/), instance locale de Galaxy ouverte à la communauté scientifique.

Principales réalisations

Les membres de la plateforme sont co-auteurs de 45 publications entre 2016 et 2018 (portant principalement sur des projets de ChIP-seq, RNA-seq, DNA-seq et d’analyses intégratives de données issues de plusieurs de ces applications).
Au cours de ces deux dernières années, la plateforme a travaillé sur environ 300 projets par an (correspondant chaque année à plus de 4000 librairies pour lesquelles la plateforme a réalisé le séquençage et l’analyse primaire, plus de 1500 librairies de RNA-seq et 500 librairies de ChIP-seq préparées) et les bioinformaticiens de la plateforme ont analysé chaque année 160 projets.

MAJ : 30 juillet 2019