Plateforme de séquençage de Strasbourg GenomEast
Introduction
La plateforme GenomEast est hébergée à l’IGBMC (CNRS / Université de Strasbourg / INSERM). Forts d’une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour étudier les génomes, leur expression et leur régulation, depuis le contrôle qualité du matériel de départ jusqu’à l’analyse des données. Ces services sont destinés à l’ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.
Expertise
- Analyse du transcriptome : RNA-seq (avec divers protocoles adaptés aux différentes qualités et quantités de matériel de départ et aux différents objectifs des études), small RNA-seq, single cell RNA-seq, transcriptomique spatiale.
- Analyse de l’épigénome : ChIP-seq, Cut&Run, MeDIP-seq, single cell ATAC-seq, séquençage de librairies ATAC-seq ou Cut&Tag
- Analyse du génome : régions ciblées (exome, régions d’intérêt), séquençage complet du génome.
Au cours des dernières années, nous avons acquis une expertise dans les technologies de séquençage pour cellule unique (six membres de la plateforme ont reçu le prix « Expertises Collectives Recherche 2021 » de l’Université de Strasbourg dans la catégorie Vie et Santé pour leur savoir-faire en transcriptomique sur cellule unique), et souhaitons développer cette expertise (notamment la multiomique sur cellule unique).
Equipements
- Séquençage haut débit : NextSeq2000 Illumina
- Nanofluidique haut débit : 10X Genomics Chromium Controller
- Contrôle qualité : Flash Reader Varioskan, Qubit Fluorometer, 2100 Bioanalyzer Agilent et Fragment Analyzer AATI
- Sonicateur : E220 AFA system Covaris
- Infrastructure informatique : calcul (Dell) : 304 cœurs, stockage (Lenovo, GPFS) : 750 To
Bioinformatique
Support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (RNA-seq, single cell RNA-seq, small RNA-seq, ChIP-seq, Cut&Run, Cut&Tag, ATAC-seq, MEDIP-seq, DNA-seq), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, à travers une collaboration avec les porteurs de projets. Nous avons notamment développé des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données de DNA-seq, RNA-seq et ChIP-seq, en utilisant des outils publiques ou développés par la plateforme.
Organisation et animation régulière de formations en analyse de données de séquençage haut débit.

Principales réalisations
Au cours des trois dernières années, la plateforme a travaillé sur environ 300 projets/an (correspondant chaque année à environ 3 000 banques séquencées, 1 500 banques RNA-seq et 500 banques ChIP-seq préparées), et les bioinformaticiens de la plateforme ont analysé chaque année environ 150 projets.
Les membres de la plateforme sont co-auteurs de 50 publications au cours des trois dernières années. Quatre d’entre elles sont listées ci-dessous :
Abu El Maaty et al. Hypoxia-mediated stabilization of HIF1A in prostatic intraepithelial neoplasia promotes cell plasticity and malignant progression. Science Advances (2022) 8(29):eabo2295.
Ibrahim et al. MeCP2 is a microsatellite binding protein that protects CA repeats from nucleosome invasion. Science (2021) 372(6549):eabd5581.
Zhang et al. Sequential actions of EOMES and T-BET promote stepwise maturation of natural killer cells. Nature communications (2021) 12(1):5446.
Vernet et al. Meiosis occurs normally in the fetal ovary of mice lacking all retinoic acid receptors. Science Advances (2020) 6(21):eaaz1139.
Mise à jour Septembre 2022

Certification qualité / Label/ Partenariat
La plateforme est certifiée ISO 9001 depuis janvier 2007 et NFX 50-900 depuis janvier 2016.
Plateforme IBiSA depuis 2008.
Plateforme partenaire de la fondation maladies rares depuis 2011.

Responsables de la Plateforme
Comité scientifique :
Irwin Davidson, Gérard Gradwohl et Amélie Piton
Responsable opérationnel :
Christelle Thibault-Carpentier
Plateforme GenomEast
IGBMC UMR 7104 CNRS-Université de Strasbourg-INSERM U1258
1, rue Laurent Fries
67404 ILLKIRCH Cedex, France
Contacts
Christelle Thibault Carpentier
thibault@igbmc.fr