Introduction

La plateforme GenomEast est hébergée à l’IGBMC (CNRS / Université de Strasbourg / INSERM). Forts d’une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour étudier les génomes, leur expression et leur régulation, depuis le contrôle qualité du matériel de départ jusqu’à l’analyse des données. Ces services sont destinés à l’ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.

Equipements

Bioinformatique

Support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (RNA-seq, single cell RNA-seq, small RNA-seq, ChIP-seq, Cut&Run, Cut&Tag, ATAC-seq, MEDIP-seq, DNA-seq), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, à travers une collaboration avec les porteurs de projets. Nous avons notamment développé des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données de DNA-seq, RNA-seq et ChIP-seq, en utilisant des outils publiques ou développés par la plateforme.

Organisation et animation régulière de formations en analyse de données de séquençage haut débit.

Principales réalisations

Au cours des trois dernières années, la plateforme a travaillé sur environ 300 projets/an (correspondant chaque année à environ 3 000 banques séquencées, 1 500 banques RNA-seq et 500 banques ChIP-seq préparées), et les bioinformaticiens de la plateforme ont analysé chaque année environ 150 projets.

Les membres de la plateforme sont co-auteurs de 50 publications au cours des trois dernières années. Quatre d’entre elles sont listées ci-dessous :

Abu El Maaty et al. Hypoxia-mediated stabilization of HIF1A in prostatic intraepithelial neoplasia promotes cell plasticity and malignant progression. Science Advances (2022) 8(29):eabo2295.

Ibrahim et al. MeCP2 is a microsatellite binding protein that protects CA repeats from nucleosome invasion. Science (2021) 372(6549):eabd5581.

Zhang et al. Sequential actions of EOMES and T-BET promote stepwise maturation of natural killer cells. Nature communications (2021) 12(1):5446.

Vernet et al. Meiosis occurs normally in the fetal ovary of mice lacking all retinoic acid receptors. Science Advances (2020) 6(21):eaaz1139.

Mise à jour Septembre 2022