Equipements

Analyses bio-informatiques

Support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (ChIP-seq, RNA-seq, small RNA-seq, DNA-seq, ATAC-seq, MEDIP-seq), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, en collaboration avec les porteurs de projets. Nous avons notamment développé des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données de DNA-seq, RNA-seq et ChIP-seq, en utilisant des outils publiques ou développés par la plateforme.

Organisation et animation régulière de formations en analyse de données de séquençage haut débit.

Principales réalisations

Les membres de la plateforme sont co-auteurs de 38 publications au cours de ces trois dernières années (portant principalement sur des projets de ChIP-seq, RNA-seq, DNA-seq et d’analyses intégratives de données issues de plusieurs de ces applications).
Au cours de ces trois dernières années, la plateforme a travaillé sur environ 300 projets par an (correspondant chaque année à plus de 3000 librairies pour lesquelles la plateforme a réalisé le séquençage et l’analyse primaire, plus de 1500 librairies de RNA-seq et 500 librairies de ChIP-seq préparées) et les bioinformaticiens de la plateforme ont analysé chaque année 150 projets.

MAJ : 05 juillet 2021