Plateforme de séquençage haut débit de l’I2BC
La plateforme de Séquençage à haut débit a été créée en janvier 2010 et est accessible à tous les utilisateurs académiques et industriels. Elle prend en charge l’intégralité de la prestation, de la préparation des librairies et du séquençage à l’analyse primaire des données.
Elle propose à ses utilisateurs une large gamme de techniques pour la préparation de banques ADN et ARN et leur séquençage.
Elle propose également des analyses bioinformatiques : cartographie et divers types d’analyses qui sont définies en accord avec les utilisateurs au début de chaque projet.
Dans certains cas, pour des projets plus complexes, une collaboration peut être mise en place.
Expertise
L’expertise de la plateforme couvre différents domaines en biologie moléculaire et bioinformatique :
Construction de banques Illumina
* DNA-seq, ChIP-seq
* RNA-seq
* small RNA-seq, miRNA-seq
* Banques single cell (10X Genomics)
* Protocoles personnalisés en fonction de besoins spécifiques
Construction de banques Nanopore (projets collaboratifs)
* DNA-seq
* RNA-seq (ARN direct)
* RNA-seq (cDNA)
* Protocoles personnalisés en fonction de besoins spécifiques
Séquençage :
* Oxford Nanopore Technologies (ONT) : PromethION; GridION
* Illumina : NextSeq
Equipements
* Short read: 2 séquenceurs Illumina : NextSeq 2000; NextSeq 550
* Long read: 2 séquenceurs Oxford Nanopore Technologies : PromethION P2 solo; GridION
* Single cell: Chromium controller – 10X Genomics
* Bioanalyzer; Qubit
* Resources informatiques:
- 3 stations de travail dont une avec GPU
- High performance computing Cluster (infrastructure I2BC) ;
- 2 serveurs de sauvegarde de l’I2BC localisés dans des bâtiments séparés.
Analyses bio-informatiques
Analyses bioinformatiques
* Assemblage de génome :
=> Illumina
=> ONT
=> Illumina + ONT (hybride)
* Recherche de variants génomiques : SNP, indels, remaniements chromosomiques
* Expression différentielle de gènes
* Analyse single cell RNA-Seq
* Détection de bases modifiées par séquençage ONT (en développement)
* Analyses personnalisées en fonction des demandes des utilisateurs
Principales réalisations
Certification / Assurance qualité
Engagés pleinement dans le système de management de la qualité ISO 9001, nous avons obtenu notre première certification ISO 9001 en octobre 2015, complétée ensuite par la norme NFX 50-900 en novembre 2017. Ces certifications ont été renouvelées en avril 2022.
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La plateforme est labellisée IBiSA
Responsables de la Plateforme
Responsable scientifique:
Céline HERNANDEZ
Responsable technique pour la Biologie Moléculaire :
Erwin VAN DIJK
Responsable technique pour la Bioinformatique :
Delphine NAQUIN
Plateforme de Séquençage à Haut Débit
I2BC – UMR9198
CNRS, Bât. 21
Avenue de la Terrasse
91198 Gif-sur-Yvette
France
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