Regulome

Illumina Infinium MethylationEPIC

Le profilage de la méthylation de l’ADN par puces à ADN repose sur la conversion du génome au bisulfite de sodium, transformant les cytosines non méthylées en uraciles, suivie d’une hybridation spécifique sur des billes fonctionnalisées (Infinium I et II) et d’une extension de fluorescence à résolution nucléotidique.

Évolution de la version v1 à la v2

L’Infinium MethylationEPIC v1.0 couvre environ 850 000 sites CpG, ciblant principalement les îlots CpG, les promoteurs et les régions géniques codantes. La version EPIC v2.0 (930K+) apporte des avancées majeures comme une couverture génomique étendue (Ajout de plus de 180 000 sondes ciblant spécifiquement les éléments régulateurs), et une réannotation complète sur le génome de référence GRCh38/hg38 et intégration de sondes répliquées pour évaluer la répétabilité intra-puce (Zhuang et al., 2025).

Application aux échantillons FFPE

L’analyse de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) pose un défi en raison de la réticulation et de la fragmentation extrême de l’ADN. Pour pallier cela, le protocole intègre une étape spécifique de restauration de l’ADN FFPE (Infinium HD FFPE). Après la conversion au bisulfite, l’ADN dégradé subit une réaction enzymatique de réparation préalable à l’amplification isotherme globale. Ce processus permet de secourir des échantillons fortement altérés, garantissant des taux d’appel de sondes (call rates) comparables à ceux obtenus sur de l’ADN extrait de tissus frais ou congelés.

Mise à jour : Août 2026