Equipements

L’infrastructure informatique de la plateforme Migale repose sur des serveurs sous Linux et un cluster de plus de 4000 cœurs de calcul. Plus de 400 outils bioinformatiques y sont disponibles pour analyser les données, soit en ligne de commande soit à travers un serveur Galaxy. Un serveur Rstudio est également proposé, ainsi que de nombreuses banques de données.

Formations

Migale organise chaque année un cycle de formation « Bioinformatique par la pratique » (entre 12 et 15 modules différents, de 1 à 4 jours).

Développements

La plateforme propose des développements informatiques (bases de données, sites web, etc.) dans le cadre de projets avec des utilisateurs.

Expertise et principales réalisations

Les principales expertises portées par les scientifiques de la plateforme sont l’analyse de données génomiques microbiennes, y compris transcriptomiques, ainsi que le metabarcoding et la métagénomique ; cette expertise couvre aussi bien les volets bioinformatique que biostatistique.

Parmi les principales réalisations, figurent :

• easy16S, une application web interactive et conviviale conçue pour simplifier les analyses primaires des données du microbiome
• L’analyse de biodiversité des 46 fromages AOP français dans le cadre du projet d’envergure MetaPDOCheese et le lien entre microbiote et mode de production.
• FROGS, un outil pour l’analyse de données de metabarcoding

La liste des publications auxquelles les membres du service d’analyse de données ont contribué est disponible ici.

Mise à jour : Août 2026