Plateforme de bio-informatique Jouy en Josas
La plate-forme MIGALE a deux objectifs principaux :
- Mettre à disposition une infrastructure informatique dédiée à l’analyse des données génomiques :
- en fournissant des moyens matériels, CPU, stockage, mémoire ;
- en mettant à disposition des collections de données génomiques spécifiques ou génériques ;
- en mettant en ligne des outils bio-informatiques pour analyser les données.
- Diffuser un savoir-faire en bio-informatique :
- en organisant des formations ;
- en ayant un rôle d’assistance et de conseil pour les utilisateurs ;
- en ayant une activité de conception et de développement pour le traitement et l’analyse des données des utilisateurs.
Expertise et équipements
L’infrastructure informatique de la plateforme MIGALE repose sur 75 serveurs sous Linux et une grappe de calcul de 580 processeurs. Plus de 65 banques de données génériques ou spécifiques sont mises à disposition et plus de 100 outils de bio-informatique sont disponibles (en ligne de commande ou à travers un serveur Galaxy) pour analyser les données.
Formations
Migale organise un cycle de formation à la bio-informatique (14 modules pour une vingtaine de jours de cours). Près de 900 auditeurs ont été formés depuis 2005.
Développements
La plateforme propose des développements informatiques (bases de données, sites web, etc.) dans le cadre de projets avec des utilisateurs.
Principales réalisations
MIGALE héberge la plate-forme d’annotation des génomes procaryotes AGMIAL (100 utilisateurs, 65 génomes annotés), fournit la logistique pour l’accompagnement de projets de génomique d’équipes de biologistes par l’unité MaIAGE (une quarantaine de projets depuis 2005) et abrite les projets de 500 utilisateurs.
Certification / Assurance qualité
Certification ISO9001 depuis Avril 2011
Labels
IBiSA depuis 2010
Responsables de la Plateforme
Sophie Schbath (responsable scientifique)
Valentin Loux (responsable opérationnel)
Unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l’Environnement (MaIAGE)
Centre de recherche de Jouy en Josas
INRA
Contacts
Valentin Loux ou Sophie Schbath
01 34 65 28 95
help.migale@inrae.fr
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