Plateforme de bio-informatique de Montpellier
Expertise
- Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression (SAGE)
- Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)
- Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq
- Analyse génomique : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
- Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques
Equipements
- serveur de calcul 124 gigaoctets de mémoire, 8 coeurs
- baie disque 30 teraoctets
La plateforme est servie par 7 ingénieurs : 4 biologistes moléculaires et 3 bio-informaticiens.
Principales réalisations
- logiciels : LoRDEC, CRAC, MPSCAN, GS_check, PermutMatrix
- projet génomique Ostreococcus tauri
- analyse des transcriptomes de Leucémies Myéloïdes Aiguës
- analyse des transcriptomes de cellules souches embryonnaires humaines
Labels
IBISA
RENABI
Cancéropôle Grand Sud Ouest
Responsables de la Plateforme
Eric Rivals
Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM)
Institut de Biologie Computationnelle (IBC)
CNRS, Université de Montpellier 2
Contacts
Eric Rivals : atgc-hts@lirmm.fr
tel : 04 67 41 86 64
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