Cartographie des sites d’accessibilité de la chromatine : ATAC seq
ATAC seq (Assay for transposase accessible chromatin) est une méthodologie intéressante pour identifier des régions de chromatine ouverte, déterminer dans les régions régulatrices les positions avec ou sans nucléosomes, analyser l’occupation de facteurs de transcription (TF) dans des types de cellules spécifiques. Ainsi cette application peut générer des profils épigénomiques assez complets.
Le principe de la méthode consiste incuber la chromatine en présence de Tn5 transposomes, pour simultanément fragmenter et indexer les fragments d’ADN exposés (J Buenrostro et al. 2015). Ce protocole simple et rapide doit cependant être exécuter délicatement pour ne pas modifier la structure de la chromatine et dévoiler des sites aux transposomes.
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