Plateforme de génomique de Nantes GenoA
La plateforme GenoA (Genomics Atlantic) est ouverte à la communauté scientifique comprenant des laboratoires académiques, des services hospitaliers et des entreprises privées.
La plateforme GenoA conseille, propose et développe des prestations en génomique : séquençage à haut débit « ready-to-use », préparation de librairies et séquençage du génome, du transcriptome et du microbiome.
Pour toutes ces applications, la plateforme GenoA travaille conjointement avec la plateforme BiRD (membre de l’IFB), qui dispose d’une expertise dans l’analyse de données à grande échelle et développe des pipelines d’analyse bioinformatique dédiés afin de standardiser l’analyse des données brutes jusqu’à l’interprétation biologique.
La plateforme GenoA met à disposition des équipements de génomiques : leur utilisation inclut la formation et le support technique par le personnel de la plateforme, si nécessaire. Une formation initiale est organisée pour tous les nouveaux utilisateurs.
Les multiples applications de la génomique ne sont pas limitées en termes d’espèces étudiées. Elles peuvent être appliquées dans les domaines de la mer, de l’agronomie, de l’environnement et de la santé.
Expertise
Grâce aux compétences d’un personnel dédié et qualifié, la plateforme GenoA est reconnue pour ses qualités techniques pour les applications suivantes :
- Etude du génome
- Whole Genome
- Analyse primaire : démultiplexage, QC, analyse primaire DRAGEN (alignement, détection des variants)
- Etude du transcriptome
- 3’SRP (3’seq-RNA Profiling)
- RNA Sequencing
- Analyse primaire : démultiplexage, QC, alignement et comptage de reads
- Etude du microbiome
- 16s
- Analyse primaire (16s) : démultiplexage, QC, table d'abondance des ASV, répartition des reads, analyse de l'alpha et beta-diversité, assignation taxonomique
- Shotgun (fastq)
- Ready-to-use (librairies préparées par les utilisateurs)
- Génome : exomes, gènes de région ciblés
- régulome (ATAC-seq, ChIP-seq, HiChIP-seq, Cut&Run, Cut&Tag, miRNA)
- single cell (scRNA-seq, scATAC-seq, scChIP-seq, scCNV-seq, scTCR-seq, scVDJ-seq)
Offres de services
- Prestation en Conduite de Projet dans le domaine de la Génomique allant de l’expérimentation à l’analyse des données, en collaboration avec la plateforme BiRD.
- Réalisation d’un projet uniquement par une approche expérimentale
- Réalisation d’un projet par une formule complète alliant l’expérimentation et l’analyse primaire.
- Toute demande de projet est discutée lors d'une réunion avec le chef de projet et ses collaborateurs, afin d'établir une fiche d'engagement dans laquelle est décrit le cahier des charges, ainsi que les modalités de livraison des résultats et le délai de la prestation.
- Mise à disposition d’équipements
- Formations à l'utilisation des ressources
Equipements
- Séquenceurs : MiSeq (Illumina), NovaSeq (Illumina)
- Chromium (10X Genomics)
- Robotique : Automate Biomek NXP Span-8 (Beckman), Automate Biomek 4000 (Beckman)
- Contrôle qualité d’acides nucléiques : Bioanalyzer2100 (Agilent), TapeStation2200 (Agilent), QuBit (ThermoFischer)
- Sonicateurs : Bioruptor Diagenode, M220 Covaris
Ressources informatiques
Les ressources de calcul et de stockage de la plateforme BiRD sont accessible et ouvertes pour les projets issus de la plateforme GenoA.
- Cluster de calcul avec accès authentifié (SSH) pour le lancement d’analyses complexes ou le développement
- Environnement logiciel : BiRDCluster possède de nombreux outils bioinformatiques dédiés aux différents domaines de la génomique (NGS, génotypage, GWAS, biologie des systèmes, métagénomique…)
Formations
mise à jour Février 2022
Certification / Assurance qualité
En démarche qualité selon le référentiel ISO9001, v2015
Labels
IBISA
Responsables de la Plateforme
Responsable scientifique
Julien Barc
Responsable technique
Marine Cornec
IRS- SUN
Institut du thorax
8 quai Moncousu
44007 NANTES cedex 1
Contacts
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