Equipements

Analyses bio-informatiques

La plateforme de Nice prend en charge les analyses bio-informatiques et fournit automatiquement un rapport de séquençage intégrant une analyse d’expression différentielle et les contrôles qualités standard incluant :

• une analyse FastQC,
• un filtrage et un nettoyage des données,
• un alignement des lectures contre une séquence de référence (STAR, bowtie2, lifescope).

Analyse sur ADN

• Analyse de re-séquençage de Génome/Exome, alignement, recherche des SNPs, indels, variants structuraux, CNV, annotations et aide à la prioritisation des variants (Illumina Isaac, BWA/GATK best practices, VariantStudio),
• ChIP-Seq : recherche de sites de fixation, facteurs de transcription, marques d’histones, pol-II (MACS2, HOMER, Meme),
• Assemblage de novo de petits génomes < 50Mb (Abyss, Spades, Velvet, SOAP)

Analyse sur ARN

• RNA-Seq, analyse d’expression différentielle (normalisation et comparaison des contrastes) (DESeq2, package R bioconductor), annotation des résultats. Production d’un rapport d’expérience au format PDF/HTML permettant la synthèse générale des contrôles qualités de l’expérience et de l’analyse de l’expression différentielle
• SmallRNA-Seq : identification des espèces séquencées (miRNAs, piRNAs, snoRNAs, tRFs, ensembl ncRNAs, fRNAdb) via un pipeline standardisé faisant suite à un mapping en 2 phases STAR puis Bowtie2, détection et annotation des zones d’expressions non annotées (MACS2), analyse d’expression différentielle (normalisation et comparaison des contrastes) (DESeq2, package R bioconductor), annotation des résultats. Fourniture d’un rapport d’expérience au format PDF permettant la synthèse générale des contrôles qualités de l’expérience et de l’analyse de l’expression différentielle
• RNA-Seq de novo (normalisation khmer et assemblage trinity)
• RNA-seq single cell sur Ion Torrent Proton avec UMI, après isolement des cellules.

Les résultats sont stockés automatiquement sur le portail d’informations de la plateforme Médiante. Cela concerne notamment les fichiers .BAM d’alignement, les fichiers. BW de couverture et l’ensemble des fichiers de l’analyse secondaire et des analyses statistiques conduites en partenariat avec le collaborateur. Sur demande l’ensemble des données brutes sont également mises à disposition et une aide est fournit pour la soumission des données vers la base de données publiques GEO (Gene Expression Omnibus).