Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Domaines d’expertises

La mutualisation des ressources et expertises des plateformes France Génomique permet de proposer à nos collaborateurs un large panel de techniques de pointe dans différents domaines d’application des nouvelles technologies de séquençage.
Concernant l’ADN nous avons l’expertise nécessaire autant pour le séquençage de novo comme pour le reséquençage (génome entier ou régions ciblées) :

- Séquençage de novo

- Reséquençage du génome complet
- Capture

France Génomique possède aussi des compétentes pour des études génomiques sur puces ADN :

- Génotypage

De même, nous proposons des techniques pour le séquençage de l’ARN :

- Séquençage du transcriptome,
- Cartographie des sites d’initiation de la transcription (TSS),
- Séquençage des petits ARNs,

mais aussi pour des études d’épigénétique :

- ChIP-Seq,
- MeDIP,
- Bisulfite.

Nos plateformes assurent une veille technologique pour faire évoluer nos protocoles et en développer de nouveaux pour rester à l’avant-garde des technologies de séquençage haut débit.

Le tableau suivant montre un aperçu des expertises et domaine d’application de chaque plateforme France Génomique :

Plateforme Expertises spécifiques Contacts
Genoscope (Evry) Séquençage de novo, metagénomique, RNAseq – très grands projets, biodiversité Patrick Wincker :
pwincker@genoscope.cns.fr
CNRGH (Evry) Reséquençage (WG,WES), séquençage fonctionnel – très grands projets, génétique des maladies humaines Jean-François Deleuze :
deleuze@cng.fr
TGML (Marseille) Reséquençage (WES), séquençage fonctionnel Béatrice Loriod :
béatrice.loriod@inserm.fr
MGX (Montpellier) RNAseq, architecture chromatine, réplication ADN Laurent Journot :
mgx@mgx.cnrs.fr
Institut Pasteur (Paris) Microorganismes, metagénomique / transcriptomique, épigénomique Sean Kennedy / Christiane Bouchier :
genopole@pasteur.fr
Genomic Paris centre (Paris) Reséquençage, RNAseq, épigénomique S. Le Crom / L. Jourdren / A. Nicolas / S. Baulande :
lecrom@biologie.ens.fr jourdren@biologie.ens.fr
alain.nicolas@curie.fr sylvain.baulande@curie.fr
UCAGenomiX (Sophia Antipolis) Analyse ARN (Small RNAseq, RNAseq), ChIPseq, Single Cell Pascal Barbry :
barbry@ipmc.cnrs.fr
GenomEast (Strasbourg) ChIPseq, RNAseq, small RNAseq, reséquençage (WES et captures ciblées) C. Thibault-Carpentier / B. Jost :
thibault@igbmc.fr jost@igbmc.fr
Genotoul (Toulouse) Séquençage génomique, reséquençage, RNAseq, metagénomique, génétique animale & végétale D. Milan / C. Donnadieu :
get-plage@genotoul.fr

mise à jour novembre 2017


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