Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Domaines d’expertises

La mutualisation des ressources et expertises des plateformes France Génomique permet de proposer à nos collaborateurs un large panel de techniques de pointe dans différents domaines d’application des nouvelles technologies de séquençage.
Concernant l’ADN nous avons l’expertise nécessaire autant pour le séquençage de novo comme pour le reséquençage :

Séquençage de novo,
Cartes optiques,
Reséquençage du génome complet,
Capture,
Génotypage.

De même, nous proposons des techniques pour le séquençage de l’ARN :

Séquençage du transcriptome,
Cartographie des sites d’initiation de la transcription (TSS),
Séquençage des petits ARNs,

mais aussi pour des études d’épigénétique :

ChIP-Seq,
MeDIP,
Bisulfite.

Nos plateformes assurent une veille technologique pour faire évoluer nos protocoles et en développer de nouveaux pour rester à l’avant-garde des technologies de séquençage haut débit.

Le tableau suivant montre un aperçu des expertises et domaine d’application de chaque plateforme France Génomique :

Plateforme Expertises spécifiques Contacts
IG / Genoscope (Evry) Séquençage de novo, metagénomique, RNAseq – très grands projets, biodiversité Karine Labadie :
klabadie@genoscope.cns.fr
IG / CNG (Evry) Reséquençage (WES), séquençage fonctionnel – très grands projets, génétique des maladies humaines Jean-François Deleuze :
deleuze@cng.fr
TGML (Marseille) Reséquençage (WES), séquençage fonctionnel Jean Imbert :
jean.imbert@inserm.fr
MGX (Montpellier) RNAseq, architecture chromatine, réplication ADN Laurent Journot :
mgx@mgx.cnrs.fr
Institut Pasteur (Paris) Microorganismes, metagénomique / transcriptomique, épigénomique Philippe Glaser :
genopole@pasteur.fr
Genomic Paris centre (Paris) Reséquençage, RNAseq, épigénomique Stéphane Le Crom / Alain Nicolas :
lecrom@biologie.ens.fr /
alain.nicolas@curie.fr
IPMC (Sophia Antipolis) Analyse ARN (Small RNAseq, RNAseq), ChIPseq Pascal Barbry :
barbry@ipmc.cnrs.fr
IGBMC (Strasbourg) ChIPseq, RNAseq, small RNAseq, reséquençage (WES et captures ciblées) Bernard Jost :
jost@igbmc.fr
Genotoul (Toulouse) Séquençage génomique, reséquençage, RNAseq - génétique animale & végétale D. Milan / C. Donnadieu :
get-plage@genotoul.fr

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