Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de séquençage LIGAN

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Localisée à l’Institut Européen de Génomique du Diabète (EGID) sur le site du CHRU de Lille, la plateforme lilloise Ligan est dédiée au séquençage de nouvelle génération (NGS) de l’exome, du génome et du transcriptome humain pour une médecine personnalisée, et inclut aussi d’autres technologies de pointe (génotypage, microfluidique…). La plateforme a développé une pléthore de protocoles adaptés à la recherche en génétique des maladies humaines. Ceci à des fins de diagnostic étiologique des maladies génétiques et de médecine personnalisée.
LIGAN-PM est un outil de collaboration scientifique de haute expertise en génétique humaine et une plateforme de service ouverte aux organismes publics et privés.
L’équipe est constituée de plusieurs groupes : un groupe de biologistes pour le développement et l’application de protocoles, un groupe expérimenté en bioinformatique pour l’analyse des données à l’issue du séquençage, un groupe bio-statistique et un groupe pour le management des ressources informatiques afin de gérer les analyses bioinformatiques et de stoker les données générées pendant la durée du projet, et au-delà.

Expertise
Séquençae NGS d’exome entier
Séquençage NGS d’exome amélioré avec une capture enrichie pour détecter finement les CNV
Séquençage NGS d’ADN plus ciblé (panel de gènes)
Génotypage par puce à ADN (étude GWAS)
Séquençage NGS de l’ARN codant (mRNA) ou non-codant (miRNA/lncRNA)
Comptage des molécules d’ARN codant ou non-codant (technologie NanoString)
RAD-Seq (en ready to load)
PCR Digitale
NG-Capture C
Shotgun metagenomics

Développements en cours
Séquençage de génomes (notamment la bioinformatique)

Equipements
Séquençage NGS : 2MiSeq Illumina, 1 NextSeq 500 Illumina, 2 HiSeq 2500 Illumina, 1 HiSeq 4000 Illumina, 1 NovaSeq 6000 Illumina
Autres technologies de pointe (hors NGS) : IScan Illumina, 3730xl DNA analyser, Biomark Fluidigm, NCounter NanoString, Viia 7 LifeTechnologies
Robotique : 1 DuoSTARlet, 2 STAR Hamilton, 2 Bravo Agilent,
Autres : Covaris E220, LabChip GX PerkinElmer, Pyromark Q24 et Q48, Light Cycler Roche, Access Array Fluidigm QX200 Droplet Digital PCR Bio-Rad

Outils informatiques
-  L’équipe NGS dispose de 3 espaces de stockage NAS de 30To chacun (réception des données de séquençage directement depuis les appareils)
- L’équipe Bioinfo dispose de 10 serveurs de Calcul DELL R9XX quadri-processeurs (ayant chacun un minimum de 512Go de RAM). L’ensemble comptabilise plus de 1000 coeurs, fonctionne sur un système ubuntu server et est regroupé dans un cluster docker.
- L’équipe Biostatistique dispose de 2 serveurs de Calcul DELL R920 quadri-processeurs (ayant chacun 512Go de RAM). L’ensemble comptabilise 220 coeurs, sous proxmox 4 découpés en container sous scientifique Linux 7.
Les deux équipes manipulent leurs données sur un système de stockage haute performance Netapp de plus d’un Petaoctet possédant plusieurs contrôleurs redondants au travers d’un réseau en 10GB. Ils peuvent archiver leurs données sur une bibliothèque ML6000 DELL ayant 130 slots, 2 lecteurs LTO5 et 2 lecteurs LTO.

L’efficacité de la plateforme a été accrue d’année en année avec les acquisitions des dernières technologies développées par la société Illumina. Nous avons ainsi été les premiers en Europe à posséder et utiliser l’HiSeq 4000, et les premiers en France avec le NovaSeq.

Certification / Assurance qualité
Mise en place de la certification ISO 15189

Partenariats
En plus de nos propres projets de recherche et des prestations, LIGAN-PM est partenaire de deux RHU : iMAP et PreciNASH ; LIGAN-PM est partenaire du labex Transimmunom ; l’unité est impliquée dans plusieurs projets IMI : DIRECT, RHAPSODY

En savoir plus
http://ligan.good.cnrs.fr/

mise à jour : 01/02/2018


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