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L’appel à propositions « Grands Projets de Génomique »

FRANCE GENOMIQUE

L’APPEL A PROPOSITIONS 2016 « Grands Projets de Génomique » est OUVERT jusqu’au mardi 20 septembre 2016

France Génomique a une mission de service auprès de la communauté scientifique dans le domaine de la génomique. Cette mission comporte notamment l’établissement de séquences de référence de génomes présentant un intérêt particulier pour la recherche fondamentale ou appliquée, ainsi que l’application de méthodes de séquençage à haut débit et de traitement bioinformatique requises dans des approches pouvant être notamment comparatives, ou fonctionnelles dans les domaines de la génomique humaine ou environnementale ou de la métagénomique.

Dans le cadre de cette mission, France Génomique consacrera une partie importante de sa capacité de séquençage et de traitement bioinformatique des données de séquence, ainsi que les expertises associées, à la réalisation de quelques grands projets ambitieux. Ces projets seront soumis par des laboratoires de la Recherche Publique (CNRS, INSERM, INRA, CEA, CIRAD, IRD, Laboratoires Universitaires, Fondations…), et seront réalisés par la plateforme de l’Institut de Biologie F Jacob du CEA (Genoscope et CNRGH). Les projets peuvent également impliquer des laboratoires partenaires étrangers, notamment européens. Les coûts de fonctionnement de ces projets pourraient être pris en charge par France Génomique en partie ou en totalité.

Ces projets seront développés en collaboration avec l’IBFJ dans le cadre d’une convention écrite. En fonction des technologies de séquençage et cartographie disponibles (Sanger, , Illumina HiSeq, NextSeq et Miseq, Oxford Nanopore, cartes optiques…), l’IBFJ proposera aux collaborateurs la stratégie qui lui paraît la plus appropriée à la réalisation des projets. Les partenaires (collaborateurs et IBFJ) définiront ensemble les conditions pratiques de déroulement du travail expérimental. Les données résultant de cette collaboration seront détenues conjointement par les partenaires qui conviendront des modalités de diffusion et d’éventuelle prise de protection intellectuelle, en accord avec les instances de tutelle et les usages en vigueur dans la communauté scientifique. En particulier, les données seront mises dans le domaine public. Les séquences assemblées seront soumises dans les banques de données publiques après avoir été fournies par l’IBFJ aux collaborateurs, conformément aux règles internationales, dans un délai à définir pour chaque projet.

Les projets doivent porter sur le séquençage de novo de grands génomes complets, le séquençage d’un nombre élevé d’individus d’espèces dont le génome de référence est connu, et plus généralement de collections d’ADN ou de transcrits nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle provenant d’organismes présentant un intérêt majeur sur le plan scientifique, médical ou économique. Des projets impliquant des populations d’organismes (métagénome, diversité biologique), projets de génomique environnementale et génomique des populations sont encouragés.

Cet appel concerne essentiellement des projets nécessitant un grand volume de séquençage (à titre d’exemple, au moins une dizaine de Flow Cells pour des projets faisant appel à la technologie Illumina HiSeq – les projets mettant en jeu des technologies de génotypage sont exclus de cet Appel à Propositions), mais peut aussi exceptionnellement concerner des projets de plus petite taille s’ils nécessitent d’importantes capacités d’analyse bioinformatique, ou présentent des challenges technologiques particuliers. Les projets de taille modeste, pouvant être financés et réalisés par d’autres moyens, ne seront pas pris en considération dans cet Appel à Propositions. Ils feront l’objet d’un appel à propositions séparé en co-financement avec le laboratoire demandeur.
Ils peuvent être soumis en permanence via le site Web France Génomique (https://www.france-genomique.org/spip/spip.php?article41) et réalisés en co-financement avec le laboratoire demandeur.

Les projets sont à soumettre en anglais, à l’aide du formulaire ci-dessous.
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Télécharger le formulaire et remplissez-le.

Calendrier et modalités d’évaluation :

Les décisions seront annoncées en Février 2017. L’évaluation est faite par le Comité Scientifique de France Génomique (https://www.france-genomique.org/spip/spip.php?article7).

Les projets seront évalués en fonction de :
- Les projets seront évalués en fonction de :
- leur intérêt scientifique ;
- leur degré de faisabilité ;
- leur impact sur la communauté scientifique nationale et internationale ;
- le contexte international ;
- la capacité des proposants à obtenir rapidement le matériel biologique nécessaire ;
- l’aptitude des proposants à s’investir dans l’analyse bioinformatique ;
- la capacité des proposants à exploiter et publier les résultats du projet ;

Date limite d’envoi des propositions : mardi 20 septembre 2016 à Minuit.

Pour soumettre votre projet, déposez ICI le formulaire complété (format PDF)


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