Plateforme de séquençage de Clermont-Ferrand
La plateforme GENTYANE est rattachée à l’INRA (Centre Auvergne Rhône Alpes) et plus particulièrement au Département Biologie et Amélioration des Plantes (BAP).
La plateforme a pour objectifs scientifiques :
(1) d’appuyer les recherches conduites dans les différentes équipes de l’UMR GDEC
(2) de réaliser des prestations de génotypage et séquençage pour le compte d’autres équipes INRA ou d’autres organismes publics et privés
(3) d’assurer une veille technologique permettant de mettre en place de nouveaux outils répondant mieux, plus rapidement et à un coût moindre aux attentes des utilisateurs.
L’équipe est composée d’ingénieurs et de techniciens, experts en génotypage et séquençage. Nous disposons d’un bâtiment avec toutes les sécurités : électrique, incendie et contrôle d’accès.
Expertise
Séquençage de novo, reséquençage, RNAseq, DGE, small RNAseq, ChIPseq, HiC, mise en évidence de variants, RRBS. La plateforme propose également des pipelines d’analyse statistique complet pour identifier les transcrits différentiellement exprimés, les régions liées par des facteurs de transcription, les amplifications/délétions génomiques, les régions méthylées.
- Génotypage :
- SNP en technologie KASPar (Plaques 384 ou en microfluidique)
- SNP avec la technologie AXIOM (jusqu’à 675000 SNP en puce format 96 et jusqu’à 70000 SNP en puce format 384)
- Microsatellites sur séquenceur capillaire 96
- Séquençage : séquençage de novo, amplicons, reséquençage
- Extraction d’ADN haut débit : la plateforme GENTYANE propose l’extraction automatisée d’ADN (animal ou végétal, sur billes magnétiques) sur robot Beckman i-Series i7 avec un débit de 1536 échantillons par jour et sur Hamilton Vantage
Equipements
- Séquençage : Sequel 1M et Sequel 8M (sept. 2019) Pacific Biosciences
- Génotypage : 2 GENETITAN Affymetrix ; 3730xl DNA Analyzer, Biomark, JUNO, LightCycler 480
- Carte Optique : BionanoGenomics Saphyr
- Robotique : 3 Beckman FxP, 1 Beckman i-Series i7, 1 Biomek 4000, 1 Hamilton STAR, 1 Hamilton STARlet, 1 oKtopure (LGC Genomics)
- Autres : Covaris M220, Bioruptor 2, 1 BluePippin Sage, Tecan Infinite M1000, 2 Fragment Analyser Agilent, 1 Fragment Analyser Femto Pulse, 3 Integra ViaFlo 96 et 384

MAJ : 30 juillet 2019

Certification / Assurance qualité
Plateforme certifiée ISO9001 depuis 2012, et NFX50-900 depuis 2014

Responsables de la Plateforme
Jérôme Salse (Resp. scientifique)
Charles Poncet (Resp. opérationel)
Plateforme Gentyane
UMR INRA 1095 Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
5 chemin de beaulieu,
63000 Clermont Ferrand