Plateforme de bio-informatique de Versailles

L’Unité de Recherche en Génomique Info (URGI, UR1164) est une unité de recherche INRAE du département Biologie et Amélioration des Plantes.
PlantBioinfoPF, hébergée par l’URGI, est en soutien à différentes activités de recherche sur les plantes d’intérêt agronomique et forestières pour INRAE. La plateforme s’est fédérée avec 3 autres plateformes de bioinformatiques labellisées stratégiques d’INRAE pour former l’infrastructure de recherche BioinfOmics. Elle fait partie de l’Institut Français de Bio-informatique qui est le nœud français de l’infrastructure européenne : ELIXIR. La plateforme fait partie du réseau Science des Plantes de Saclay et de la Graduate School Biosphera. PlantBioinfoPF est labellisée plateforme stratégique par le GIS IBiSA et est certifiée ISO-9001.

Expertise

développement d’interface (Java J2EE)
développement de pipelines d’analyses (Python)
bases de données (PostgreSQL, MySQL)
technologies NoSQL (ElasticSearch, SolR)
intégration de données (ETL Talend) dans des domaines aussi variés que la génomique et la génétique (génome annotation, RNA-Seq, polymorphisme, génétique d’association, phénotype, ressources génétiques)
analyse des génomes (structure et dynamique)
- Analyse du polymorphisme (SNP, variants structuraux)
- RNA-Seq
- annotation de gènes (structurale et fonctionnelle)
- annotation des répétitions

Equipements

Un cluster de calcul : 888 cores
6 serveurs dédiés (Web, bases de données : (PostGreSQL, MySQL), développement du système d’information GnpIS, NFS pour la gestion des disques, gestion des sauvegardes, machines virtuelles)
Une salle serveurs avec climatisation et sécurité anti-incendie (UPS), des unités de stockage (NAS, DAS), des robots de sauvegardes, connectivité au réseau internet : 1 Gb/sec.

Principales réalisations

GnpIS : un système d’information pour la génétique et la génomique des plantes et des champignons.
REPET : package de détection, classification et annotation de répétitions (Elément transposable, satellites...) https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET
S-MART : Boite à outils pour manipuler des données NGS, en particulier de type RNA-Seq, ChiP-Seq https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/S-Mart
Portail Galaxy de l’URGI : Serveur d’outils en ligne dont certains développés à l’URGI.
- outils de la boite à outil S-Mart - https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/Galaxy
- Workflows d’analyse d’expression différentielle (RNA-seq) ou d’analyse de polymorphisme (SNP, variants structuraux)