La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux (PGTB) est une infrastructure technologique adossée à l’UMR BIOGECO ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique académique et aux acteurs industriels.

La PGTB fait partie de l’Infrastructure de Recherche INRAE Genomics, avec les plateformes GeT de Toulouse, Gentyane de Clermont-Ferrand et EPGV de d’Evry. La PGTB est par ailleurs membre du réseau France Génomique, qui regroupe les principales plateformes de génomique au niveau national. Elle est membre de la Fédération des Plateformes Labellisées de l’Université de Bordeaux et elle est labellisée Plateforme stratégique par l’INRAE (CNOC) et le GIS IBISA.

La PGTB développe et propose des services faisant appel à des technologies moyen et haut débit reposant sur le séquençage (séquençage de courts et longs fragments d’ADN, métagénomique ciblée, séquençage de génomes et de transcriptomes, métagénomique totale et métatranscriptomique, capture de gènes, …), la recherche et le génotypage de mutations (SNP, INDEL et microsatellites), la quantification de l’expression de gènes et l’analyse d’ADN environnemental, sensible ou ancien en laboratoire confiné.

Expertise

Equipements

Séquençage

La PGTB propose différentes solutions de séquençage pour un large éventail d’applications : métagénomique ciblée et métagénomique globale, séquençage de novo, transcriptomique et métatranscriptomique, reséquençage et séquençage ciblé par capture. Les projets sont réalisés sur séquenceurs short-reads Illumina NetSeq 2000, MiSeq et iSeq 100 et sur séquenceur long-reads GridION (Oxford Nanopore Technologies).

Génotypage

La PGTB a développé une méthode de génotypage de microsatellites par séquençage haut-débit Illumina et propose un service clé en main comprenant (1) le développement de marqueurs microsatellites à partir de données de séquençage aléatoire réalisé par la PGTB ou à partir de ressources génomiques préexistantes, (2) les tests d’amplification et le séquençage Illumina de ces marqueurs, (3) l’analyse bioinformatique permettant de valider les marqueurs et de générer un tableau de génotypes. La PGTB dispose également  d’un MassARRAY® System (Agena Bioscience™) qui permet d’analyser des SNP di, tri et tétra-alléliques ainsi que des INDEL (jusqu’à 40 pb). Différentes combinaisons sont possibles : 40 SNP sur 380 échantillons, 80 SNP sur 190 échantillons, et 160 SNP sur 95 échantillons.

Quantification & Robotique

Une qPCR Roche® LC480 II et une Droplet Digital PCR QX200 (Bio-Rad®) sont disponibles pour la détection et la quantification absolue de copies en faibles quantités.

La PGTB dispose d’un robot STAR (Hamilton) équipé d’une tête 96 pipettes et de 8 pipettes individuelles. Ce robot peut diluer, réarranger et pooler des échantillons, amorces et produits de PCR en plaques 96 et 384. Il peut également distribuer les mix PCR et qPCR en plaques 96 et 384. Egalement, un Dragonfly (TTP Labtech) est disponible pour une distribution ultra-rapide et sans contact des mix PCR ou qPCR en plaques 96 ou 384

Laboratoire confiné

Ce laboratoire est équipé de salles propres à air filtré, pression positive et radiations UV. Il est dédié à l’étude de l’ADN environnemental et d’échantillons « sensibles » (bois, herbier…). Il dispose d’un équipement complet en biologie moléculaire, et de plusieurs salles pour la préparation des échantillons, les extractions d’ADN et les préparations des PCR et librairies de séquençage.

Principales réalisations

Environ 100 projets réalisés chaque année depuis 2009 dans les domaines du séquençage et du génotypage. La PGTB apporte ses services et son savoir-faire pour des projets régionaux, nationaux et internationaux dans des domaines aussi variés que la santé, la recherche forestière, la vigne et le vin, la microbiologie, l’agronomie et l’environnement

Mise à jour Avril 2022