Expertise

Le Genoscope s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de metagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.

Une équipe de chercheurs se consacre aussi au développement et optimisation de nouvelles stratégies de séquençage, y compris l’essai et valorisation des données issus de séquenceurs de troisième génération : lectures ultra longues, modifications épigénétiques, stratégies read-until, etc.

Equipements

• Séquençage : 1 NovaSeq Illumina, 2, 2 MiSeq Illumina, 6 MinION Oxford Nanopore Technologies, 1GridION Oxford Nanopore Technologies, 1 PromethION Oxford Nanopore Technologies, 1 DNBSEQ-G400 (MGI).
• Cartographie optique : 1 Saphyr Bionano Genomics
• Robotique : 3 Biomek FXP Beckman Coulter, 2 Freedom Evo Tecan, 1 Liquid Handling Station Brand
• Fragmentation ADN : 1 E220 Covaris, 1 Megaruptor Diagenode

Outils informatiques

Le Genoscope et le CNRGH ont à leur disposition une architecture centrée sur les données (environ 2 Po, NFS, serveurs de fichiers Netapp), qui sont alors accessibles avec un niveau de performance élevé par les unités de calcul (environ 3000 cœurs, nœuds de 64 Go de mémoire et plus, noeuds « grande mémoire » ccNUMA à 2 et 3 To de mémoire) et les postes de travail. Le support informatique de ces outils est géré par le LIS.

Pour la réalisation de ses projets, le Genoscope s’appuie sur des ressources et compétences importantes en bio-informatique et bio-analyse (LIS et plateforme MicroScope) qui font partie intégrante de la plateforme et de ses capacités mises au service de la communauté.

Principales réalisations

Le Genoscope a participé au projet Génome Humain (Chr. 14), au séquençage de plantes (algues, vigne, bananier, arabette, riz, cacaoyer…), d’animaux (tétraodon, anophèle…), de champignons (truffe, champignon pathogène du colza, Leptosphaeria maculans) et a séquencé plus d’une cinquantaine de génomes procaryotes. Le Genoscope a également pris en charge plus de 650 projets au service de la communauté scientifique nationale. Pour ses projets de recherche, le Genoscope se consacre à la génomique des micro-organismes de l’environnement : protistes marins (projet TARA), ou la génération des génomes de référence représentant la biodiversité européenne (projet ERGA).

• Oliveira, PH. Bacterial epigenomics: coming of age. mSystems.  (2021) 6: e0074721
• Librado, P et al.  The origins and spread of domestic horses from the Western Eurasian steppes. (2021) Nature. 598: 634-640.
• Sunagawa S. et al. Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology. Nature Reviews Microbiology  (2020) 18: 428-445.
• Kreplak, J. et al. A reference genome for pea provides insight into legume genome evolution. Nature Genetics. (2019) 51: 1411-1422.
• International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC) et al.  Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome. Science (2018) 361: eaar7191.

Mise à jour Nov 2021