Plateforme de séquençage du Genoscope
L’Institut de Biologie François Jacob du CEA regroupe les deux centres nationaux de séquençage que sont le Genoscope (Centre National de Séquençage) et le CNRGH (Centre National de Recherche en Génomique Humaine).
Expertise
Le Genoscope s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de metagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.
Equipements
- Séquençage : 1 NovaSeq Illumina, 2 HiSeq 4000 Illumina, 2 HiSeq 2500 Illumina, 2 MiSeq Illumina, 6 MinION Oxford Nanopore Technologies, 1 PromethION Oxford Nanopore Technologies
- Cartographie optique : 1 Irys Bionano Genomics, 1 Saphyr Bionano Genomics
- Robotique : 3 Biomek FXP Beckman Coulter, 2 Freedom Evo Tecan, 1 Liquid Handling Station Brand
- Fragmentation ADN : 1 E220 Covaris, 1 Megaruptor Diagenode

Outils informatiques
Le Genoscope et le CNRGH ont à leur disposition : 80 serveurs de calcul dont un avec 1 To de RAM, stockage NAS 1 Po (Netapp + Isilon), sauvegarde et archivage sur robotique avec cartouches LTO-4 et LTO-5. Le support informatique de ces outils est géré par le LIS.
Pour la réalisation de ses projets, le Genoscope s’appuie sur des ressources et compétences importantes en bio-informatique et bio-analyse (LIS et plateforme MicroScope) qui font partie intégrante de la plateforme et de ses capacités mises au service de la communauté.
Principales réalisations
Le Genoscope a participé au projet Génome Humain (Chr. 14), au séquençage de plantes (algues, vigne, bananier, arabette, riz, cacaoyer…), d’animaux (tétraodon, anophèle…), de champignons (truffe, champignon pathogène du colza, Leptosphaeria maculans) et a séquencé plus d’une cinquantaine de génomes procaryotes. Le Genoscope a également pris en charge plus de 650 projets au service de la communauté scientifique nationale. Pour ses projets de recherche, le Genoscope se consacre à la génomique des micro-organismes de l’environnement : protistes marins (projet TARA), flores bactériennes du tube digestif humain, et celles impliquées dans l’épuration des eaux.

Certification / Assurance qualité
Systèmes Informatiques de Gestion de Laboratoire (LIMS) dédiés pour les différentes plateformes, pipelines d’analyse primaire automatisés avec CQ intégré.
Responsables de la Plateforme
Pedro H. Oliveira
CEA / DRF / Institut de Biologie F. Jacob
Genoscope
2 rue Gaston Crémieux
CP5706
91057 Evry cedex (France)