Expertise

Le Genoscope s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de metagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.

Equipements

• Séquençage : 1 NovaSeq Illumina, 2 HiSeq 4000 Illumina, 2 HiSeq 2500 Illumina, 2 MiSeq Illumina, 6 MinION Oxford Nanopore Technologies, 1 PromethION Oxford Nanopore Technologies
• Cartographie optique : 1 Irys Bionano Genomics, 1 Saphyr Bionano Genomics
• Robotique : 3 Biomek FXP Beckman Coulter, 2 Freedom Evo Tecan, 1 Liquid Handling Station Brand
• Fragmentation ADN : 1 E220 Covaris, 1 Megaruptor Diagenode

Outils informatiques

Le Genoscope et le CNRGH ont à leur disposition : 80 serveurs de calcul dont un avec 1 To de RAM, stockage NAS 1 Po (Netapp + Isilon), sauvegarde et archivage sur robotique avec cartouches LTO-4 et LTO-5. Le support informatique de ces outils est géré par le LIS.

Pour la réalisation de ses projets, le Genoscope s’appuie sur des ressources et compétences importantes en bio-informatique et bio-analyse (LIS et  plateforme MicroScope) qui font partie intégrante de la plateforme et de ses capacités mises au service de la communauté.

Principales réalisations

Le Genoscope a participé au projet Génome Humain (Chr. 14), au séquençage de plantes (algues, vigne, bananier, arabette, riz, cacaoyer…), d’animaux (tétraodon, anophèle…), de champignons (truffe, champignon pathogène du colza, Leptosphaeria maculans) et a séquencé plus d’une cinquantaine de génomes procaryotes. Le Genoscope a également pris en charge plus de 650 projets au service de la communauté scientifique nationale. Pour ses projets de recherche, le Genoscope se consacre à la génomique des micro-organismes de l’environnement : protistes marins (projet TARA), flores bactériennes du tube digestif humain, et celles impliquées dans l’épuration des eaux.