Expertise

La plateforme accompagne ses utilisateurs grâce au séquençage à haut débit en se spécialisant sur les applications de génomique fonctionnelle (RNA-Seq, ChIP-Seq, …) chez les eucaryotes.

Equipements

La plateforme dispose de deux séquenceurs (un HiSeq 1500 et un NextSeq500) de la société Illumina et de l’ensemble des équipements nécessaires à leur fonctionnement et à la fabrication des banques pour le séquençage. La plateforme a récemment acquis un MiniION (Oxford Nanopore Technology) et un Chromium (10X Genomics) en vue du séquençage à longue lecture . Nous avons la capacité d’accompagner autour de 70 projets par an depuis la définition du dessin expérimental jusqu’à l’analyse et la publication des résultats.

Principales réalisations

Notre plateforme accueille des projets de taille moyenne (autour d’une dizaine d’échantillons par projet) sur un nombre varié d’espèces eucaryotes modèles ou non (plus d’une vingtaine actuellement allant des champignons aux mammifères) avec des thématiques principalement liées au développement, aux neurosciences et aux régulations génétiques. Les projets que nous prenons en charge sont très souvent limités en termes de quantité de matériel de départ et nous avons maintenant développé une véritable expertise dans la prise en charge de ce type d’études.
Nous avons également une activité de développement d’outils bio-informatiques autour de l’analyse et du contrôle qualité automatisé des projets que nous traitons. Nous avons développé des solutions novatrices (Eoulsan et Aozan) à l’aide d’outils de distribution des calculs (cloud computing, MapReduce, Hadoop), de traçabilité et de mise à disposition du code source (GitHub et Docker).

Analyses bio-informatiques

La plateforme Genomic Paris Centre de l’IBENS prend en charge les prestation suivantes :

Analyse primaire

• Livraison des séquences brutes et des qualités associées
• Rapport de séquençage et contrôle qualité.
• Recherche de contaminants.
• Filtrage et nettoyage des données.
• Alignement des lectures contre une séquence de référence.

Analyses secondaires

• CHiP-Seq : Recherche de sites de fixation (ChIP).
• RNA-Seq : Analyse d’expression différentielle.