Equipements

Analyses bio-informatiques

La plateforme de Nice fournit automatiquement des rapports de séquençage adaptés en fonction des demandes, intégrant une analyse d’expression différentielle et des contrôles qualités :

• Contrôle qualité du séquençage (FastQC, MultiQC),
• Filtrage et nettoyage des données,
• Alignement des lectures contre une séquence de référence (STAR, bowtie2, lifescope).

Analyse sur ADN

• Reséquençage de Génome/Exome, alignement, recherche des SNPs, indels, variants structuraux, CNV, annotations.
• Assemblage de novo de petits génomes < 50Mb (Abyss, Spades, Velvet, SOAP)

Analyse sur ARN

• RNA-Seq, analyse d’expression différentielle (normalisation et contrastes entre conditions) (STAR, Salmon, TrimGalore, Epi2me, DESeq2, limma, edgeR et IPA), annotation fonctionnelle des résultats. Production d’un rapport d’expérience au format PDF/HTML permettant la synthèse générale des contrôles qualités de l’expérience et de l’analyse de l’expression différentielle
• SmallRNA-Seq (miRNAs, piRNAs, snoRNAs, tRFs, ensembl ncRNAs, fRNAdb) : analyse via un pipeline standardisé incluant un mapping en 2 phases (STAR, Bowtie2), détection et annotation des zones d’expressions non annotées (MACS2), analyse d’expression différentielle (normalisation et comparaison des contrastes) (DESeq2, package R bioconductor), annotation des résultats. Fourniture d’un rapport d’expérience au format PDF permettant la synthèse générale des contrôles qualités de l’expérience et de l’analyse de l’expression différentielle
• RNAseq de novo (normalisation khmer et assemblage trinity)
• RNAseq single cell (10x Genomics®, Parse bioscience) : normalisations, clustering, expression différentielle (Seurat, scanpy).

Nanopore

• Analyse de données générées par la technologie Oxford Nanopore pour l’étude des longs reads et l’identification fine des isoformes.
• Utilisation d’outils dédiés tels que Epi2Me, dorado ou minimap2 ainsi que samtools pour le prétraitement, l’alignement, la correction d’erreurs et l’annotation.
• Détection et quantification des isoformes, étude de la structure des transcrits (épissage alternatif, méthylation), avec synthèse des résultats.
• Génération d’un rapport PDF ou HTML intégrant les contrôles qualité spécifiques aux lectures longues (longueur, taux d’erreur, qualité de séquençage).

Transcriptomique spatiale

• Technologies d’hybridation in situ combinée à l’imagerie par fluorescence
  • Xenium (10x Genomics®)
  • Merscope (Vizgen®)
• Normalisations, clustering, expression différentielle (scanpy), visualisation des cellules annotées et des transcrits dans le tissu (squidpy, xenium explorer, merscope visualizer)

Les résultats sont stockés automatiquement sur le système d’informations Médiante, qui fournit les fichiers .BAM d’alignement, les fichiers .BW de couverture, les outputs de xenium et merscope ainsi que l’ensemble des fichiers de l’analyse secondaire et des analyses statistiques conduites en partenariat avec le collaborateur. Les données brutes peuvent également être mises à disposition et une aide fournie pour leur soumission à des bases de données publiques (Gene Expression Omnibus, European Genome/Phenome Archive).

Mise à jour : Juillet 2025