Regulome

Traditionnellement, l’étude de la méthylation du carbone 5 de la cytosine (5-mC), fréquemment située dans les dinucléotides CpG, reposait sur le traitement au bisulfite de sodium (Bi-seq). Bien que très employée, cette approche présente des limites majeures : elle dégrade fortement l’ADN, induit un biais de séquençage en réduisant la complexité de la séquence et ne permet pas de distinguer facilement la 5-mC de la 5-hydroxyméthylcytosine (5-hmC).

Pour surmonter ces contraintes, les méthodologies de séquençage dites à « 5 bases » développées par Illumina intègrent la détection directe ou enzymatique des modifications épigénétiques au sein d’un flux de travail de séquençage à haut débit standard. Ce protocole s’appuie sur la conversion enzymatique sélective plutôt que sur un traitement chimique agressif. Des enzymes spécifiques (telles que les dioxygénases TET et les déaminases APOBEC) sont utilisées pour protéger la 5-mC et la 5-hmC ou les convertir de manière ciblée, préservant ainsi l’intégrité des fragments d’ADN.

On parle de protocole 5-base car le système traite la cytosine méthylée comme une cinquième entité distincte lors de la phase d’alignement et d’analyse des données. Cette approche offre une résolution à la base unique.

Mise à jour : Août 2026