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ChIP-seq

La régulation de la transcription est un processus fondamental des cellules vivantes qui contrôle la différenciation, l’expression spécifique des gènes, le développement, la prolifération ou encore pour l’adaptation à un environnement.
L’étude de la régulation de la transcription passe par l’identification des éléments du génome impliqués dans les différents processus biologiques.
Les approches méthodologiques ChIP-Seq, DNase-Seq et FAIRE-seq permettent d’analyser les régions régulatrices de l’expression génique en identifiant les régions de l’ADN associées aux activités régulatrices.

ChIP-Seq  :

Chromatin ImmunoPrecipitation Sequencing est une méthode utilisée pour analyser les interactions entre les protéines et l’ADN.
Cette technologie combine l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), en utilisant des anticorps spécifiques d’une protéine d’intérêt et le séquençage haut débit.

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Le but étant de cartographier tous les sites de liaison sur l’ADN de cette protéine à l’échelle du génome. La chromatine est définie comme l’association entre les protéines de types histone et l’ADN.

Il est ainsi possible de cartographier toutes les régions génomiques associées avec une histone nucléosomale portant une modification biochimique (acétylation, méthylation, etc.) caractéristique de l’activité transcriptionnelle.

Le principe consiste à fixer de façon covalente les protéines liées à l’ADN par un traitement chimique, de fragmenter la chromatine, d’immunoprécipiter les fragments en présence de l’anticorps d’intérêt et après purification et élimination des protéines, de séquencer les fragments d’ADN obtenus.

Les plateformes de France Génomique de Marseille (TGML) et Paris Centre au site de l’ENS sont susceptibles de répondre à votre demande de séquençage de ChIP.


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