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Cartographie des sites d’initiation de la transcription - TSS

Le site d’initiation de la transcription (en anglais, transcription start site, TSS) est le premier nucléotide de l’ADN qui est transcrit en ARN. Il est difficile de déterminer sa position exacte par bioinformatique, mais il existe plusieurs méthodes expérimentales pour le localiser, notamment le séquençage à haut débit.

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La plate-forme de l’Institut Pasteur est susceptible de répondre à votre demande de cartographie des TSS. Le protocole choisi utilise la TAP ou « Tobacco Acid Pyrophosphatase », enzyme permettant la conversion des extrémités 5’PPP des ARNs natifs en extrémités 5’P, compatibles avec la ligation d’adaptateurs.

L’étude est réalisée en comparant les résultats de séquençage des extrémités 5’ des ARN traités ou non par la TAP. Sans traitement, le séquençage donnera accès à tous les ARNs (ARN ribosomique, tRNAs, ARN messagers en cours de dégradation ou matures) à l’exception de ceux dont l’extrémité 5’ est native. Après traitement à la TAP, les mêmes séquences seront obtenues, mais on obtient en plus les séquences des ARNs natifs.

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Les méthodes statistiques permettant l’identification des gènes différentiellement exprimés ne sont pas applicables à l’identification des TSS. Celle-ci doit donc être réalisée par l’expérimentateur à l’aide d’outils de visualisation.

La mise en œuvre pratique est basée sur l’utilisation d’une méthode dérivée adaptée des protocoles proposés par Illumina.

Ce type d’études permet également l’identification de sites de démarrage de transcription alternatifs et l’identification de nouveaux transcrits.


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