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Re-séquençage ciblé d’ADN : Capture

Chez l’homme, un grand nombre de syndromes sont associés à des mutations génétiques dans des régions spécifiques ou dans un panel de gènes. De plus, les maladies multifactorielles présentent aussi des profils génomiques particuliers. Ainsi l’étude des variations de séquences à l’échelle individuelle peut constituer un outil majeur en recherche clinique. L’application la plus populaire de nos jours est notamment l’étude des régions codantes du génome appelée Exome.

Grâce au développement de techniques de séquençage de pointe, les plate-formes France Génomique vous proposent d’identifier efficacement les variants pouvant apparaître dans des régions candidates grâce au re-séquençage ciblé. Il en existe deux approches : une par amplicon (où il s’agit de séquencer des fragments amplifiés par PCR) et une par hybridation. Pour cette dernière, les séquences cibles sont capturées par hybridation sur des sondes spécifiques (on distingue la capture solide de celle en solution).

L’ADN extrait est fragmenté (de manière enzymatique ou mécanique).
Des séquences adaptatrices sont ensuite liguées aux extrémités de chaque fragment.

Après dénaturation, les fragments sont hybridés sur des sondes spécifiques de la région d’intérêt. Dans le cas de capture solide, ces sondes sont fixées sur une puce, tandis qu’en capture en solution, celles-ci sont attachées sur des billes magnétiques.

Les fragments non hybridés sont éliminés et les séquences cibles sont récupérées pour constituer une banque enrichie en séquences d’intérêt.

Après amplification afin d’augmenter la quantité de matériel le séquençage de ces derniers est effectué par des séquenceurs à haut débit de nouvelle génération.

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