Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de séquençage de Toulouse

Séquençage haut débit : Séquençage et reséquençage génomique, analyse de transcrits… Analyse de puces sur d’autres sites de GeT (Genome et Transcriptome) regroupant les Plateformes et plateaux de génomique de GenoToul.

Equipements
- Séquençage : 2 HiSeq3000 Illumina, 3 Miseq Illumina, 1 RSII Pac Bio, 2 MinION Oxford Nanopore Technology, 1 GridION Oxford Nanopore Technology, 1 Pronton Ion Torrent, 1 PGM Ion Torrent.
- Chromium 10X Genomics
- Analyse Single Cell : Biomark (Fluidigm) avec module C1 cellules uniques
- Robots : 5 Genesis Tecan
- Autres : 1 Femto Pulse AAT, 1 BeadXPress Illumina, scanners Innoscan, Agilent et Roche

Principales réalisations :

785 projets réalisés depuis 2007 dans les domaines du séquençage, du séquençage haut débit, de la qPCR haut débit ou du génotypage moyen débit.
62 Tbases produites depuis 2008 (454/MiSeq/HiSeq)

Analyses bioinformatiques :

La plateforme génomique de Toulouse prend en charge les prestations suivantes :
- Livraison des séquences brutes et des qualités associées (accessibles via ng6, pendant 2 ans minimum sur un espace sauvegarde)
- Analyse primaire (résultats accessibles sur ng6)

  • Rapport de séquençage et contrôle qualité (fastQC).
  • Recherche de contaminants.
  • Alignement des lectures contre une séquence de référence, si applicable et analyse du taux d’alignement par position.

Labels/ Démarche qualité :
Plateforme IBiSA labellisée plateforme stratégique par l’INRA. Certifiée ISO9001 depuis 2008.

En savoir plus : http://get.genotoul.fr/

Responsables de la plateforme :
Denis Milan / Cécile Donnadieu

Plateforme Génomique (GeT-PlaGe)
UMR INRA-INP Génétique Cellulaire, centre INRA de Toulouse Auzeville
Chemin de Borderouge, Auzeville, 31326 Castanet-Tolosan

Contacts :
Denis Milan / Cécile Donnadieu
get-plage@genotoul.fr
+33 5 61 28 55 88


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