Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de séquençage de Toulouse

Expertise
Séquençage haut débit : Séquençage et reséquençage génomique, analyse de transcrits, épigénomique et metagénomique.
Analyse de puces sur d’autres sites de GeT (Genome et Transcriptome) regroupant les Plateformes et plateaux de génomique de GenoToul.

Equipement
- Séquençage : 1 NovaSeq Illumina, 2 HiSeq3000 Illumina, 3 Miseq Illumina, 1 RSII Pac Bio, 2 MinION Oxford Nanopore Technology, 1 GridION Oxford Nanopore Technology, 1 PromethION Oxford Nanopore Technology, 1 Pronton Ion Torrent, 1 PGM Ion Torrent.
- Chromium 10X Genomics
- Analyse Single Cell : Biomark (Fluidigm) avec module C1 cellules uniques
- Robots : 5 Genesis Tecan pour la préparation des banques
- Autres : 1 Femto Pulse AAT, 1 BeadXPress Illumina, scanners Innoscan, Agilent et Roche

Principales réalisations
785 projets réalisés depuis 2007 dans les domaines du séquençage, du séquençage haut débit, de la qPCR haut débit ou du génotypage moyen débit.
62 Tbases produites depuis 2008 (454/MiSeq/HiSeq)

Analyses bioinformatiques
La plateforme génomique de Toulouse prend en charge les prestations suivantes :
- Livraison des séquences brutes et des qualités associées (accessibles via ng6, pendant 2 ans minimum sur un espace sauvegarde)
- Analyse primaire (résultats accessibles sur ng6)

  • Rapport de séquençage et contrôle qualité (fastQC).
  • Recherche de contaminants.
  • Alignement des lectures contre une séquence de référence, si applicable et analyse du taux d’alignement par position.

Certification / Assurance qualité
Plateforme certifiée ISO9001 depuis 2008 et NFX50-900 depuis2015

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Labels
Plateforme IBiSA labellisée plateforme stratégique par l’INRA

Responsables de la plateforme
Denis Milan / Cécile Donnadieu

Plateforme Génomique (GeT-PlaGe)
UMR INRA-INP Génétique Cellulaire, centre INRA de Toulouse Auzeville
Chemin de Borderouge, Auzeville, 31326 Castanet-Tolosan

Contacts
Denis Milan / Cécile Donnadieu
get-plage@genotoul.fr
+33 5 61 28 55 88

En savoir plus
http://get.genotoul.fr/

mise à jour : 08/08/2018


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