Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de séquençage de Marseille

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La plateforme « Transcriptomique et Génomique Marseille-Luminy » (TGML) est intégrée au laboratoire « Theories and Approaches of Genomic Complexity » (TAGC, Inserm U1090, Pr P. Rihet) sur le Parc des Sciences de Luminy (Aix-Marseille Université).

Cette plateforme permet un accès aux analyses transcriptomiques, génomiques et épigénomiques pour la recherche publique et privé. Elle offre aux utilisateurs et aux collaborateurs un large éventail d’approches expérimentales et bioinformatiques dédié à l’analyse des différents types de puces à ADN et au séquençage à haut débit.

Expertise
- Transcriptomique : RNA-seq (polyA, ribodéplété, miRNA), puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
- Génomique : Reséquençage ciblé, exome complet, SNV, small/large IndDels, etc.
- Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq/ATAC-seq, Mnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
- Analyses bioinformatiques : à la demande selon le projet

- En développement : Single-cell et long-read

Equipement
- Séquençage : NextSeq 500 (Illumina)
- Single-cell and Long read : Chromium Controller (10x genomics)
- Scanner : Microarray Haute-Résolution (Agilent)
- Robots : EVO 150 (Tecan), Apollo-324 (WaferGen) et Fragment Analyzer (Advanced Analytical)

Cluster informatique
- Puissance de calcul :
- 18 nœuds
- 288 cœurs
- 1.5 To RAM
- Stockage des données : 1 baie avec gpfs de 220 To

Outils informatiques
- En développement : Workflow pour l’analyse du transcriptome, du génome et de l’épigénome
- Disponible :
- Logiciel GeVarA pour l’analyse de variants génomiques
- Outils de conversion et analyse à façon (wig, bed, sam, etc.)

Certification / Assurance qualité
L’ensemble de l’activité de la plate-forme est certifié ISO 9001:2015 et NFX 50-900 :2016.

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Labels
GIS IBiSA
Cancéropôle PACA
CoReBio PACA
Plateforme technologique AMU

Responsables de la plateforme
Béatrice Loriod

TGML/TAGC U1090
Inserm - Aix Marseille Université
163 Avenue de Luminy
13288 Marseille cedex 9

Contacts
Béatrice Loriod
beatrice.loriod@inserm.fr
04 91 82 87 13

En savoir plus
https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy

Mise à jour : 09/08/2018


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