Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

Accueil > Les plateformes de France Génomique > Plateforme de séquençage de Marseille

Plateforme de séquençage de Marseille

La plateforme « Transcriptomique et Génomique Marseille-Luminy » (TGML) est intégrée au laboratoire « Technologies Avancées pour le Génome et la Clinique » (TAGC, Inserm U1090, Dr C. Nguyen) sur le Parc des Sciences de Luminy (Aix Marseille Université).

Cette plateforme permet un accès aux analyses transcriptomiques, génomiques et épigénomiques pour la recherche publique et privé. Elle offre aux utilisateurs et aux collaborateurs un large éventail d’’approches expérimentales et bioinformatiques dédié à l’analyse des différents types de puces à ADN et au séquençage à très haut débit.

Activités / Spécialités
- Transcriptomique : RNA-seq, puces à ADN
- Génomique : DNA-seq (reséquençage ciblé, exome complet, SNV, small/large IndDels, etc.)
- Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq, Mnase-seq

Equipements principaux
- NextSeq 500 Illumina
- Séquenceur PGM Ion Torrent Life Technologies (10Mb-2Gb)
- Scanner Microarray Haute-Résolution Agilent
- Robots : TECAN EVO 150 ; OneTouch

Ferme de clacul
- une machine maître
Dell PowerEdge R720
2 CPUs Xeon E5-2640 (2.5 GHz) -> 12 cœurs
64 Gb de mémoire
- 12 nœuds de calcul
Dell C6220
2 CPUs Xeon E5-2670 (2.6 GHz) -> 12x16 cœurs = 192 cœurs
128 Gb de mémoire par nœud
- une baie de stockage
Dell MD3260
36 disques de 3 Tb -> 82 Tb utiles (formatés)
- Stockage : 4 volumes (baies Dell MD1000, MD1200 et MD3260) de 140 à 220 Tb

Outils informatiques en développement 
- Développement de workflow pour l’analyse du transcriptome, du génome et de l’épigénome
- Logiciel GeVarA pour l’analyse des variants génomiques
- Outils de conversion et analyse à façon (wig, bed, sam, etc.)

Démarche qualité :
L’ensemble de l’activité de la plate-forme est certifié ISO 9001:2008 et NF X 50-900

Labels :
GIS IBiSA, Cancéropôle PACA, CoReBio PACA

Localisation géographique / Labo de rattachement /Tutelles :
Campus Universitaire de Luminy 13009 Marseille
TAGC U1090
Inserm, Aix Marseille Université

Responsable de la plateforme scientifique et technique :
Catherine NGuyen et Béatrice Loriod

Contacts :
Béatrice Loriod
loriod@inserm.fr
04 91 82 87 13

Site web de la plateforme :
http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/tgml-facility


Toutes les versions de cet article : [English] [français]