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pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de séquençage de Montpellier MGX – Montpellier GenomiX

Séquençage de novo, reséquençage, RNAseq, DGE, small RNAseq, ChIPseq, HiC, mise en évidence de variants, RRBS. La plateforme propose également des pipelines d’analyse statistique complet pour identifier les transcrits différentiellement exprimés, les régions liées par des facteurs de transcription, les amplifications/délétions génomiques, les régions méthylées.

Equipements :
MGX est équipée de 2 séquenceur Illumina : MGX est équipée de 2 séquenceur Illumina : un HiSeq2000 et un HiSeq2500 permettant le séquençage d’environ 1,3 Tb par semaine. La plateforme possède également 2 robot Genesis (Tecan). Elle est servie par 7 ingénieurs : 4 biologistes moléculaires et 3 bio-informaticiens.

Principales réalisations :
Environ 80 projets par an. La plateforme travaille pour le domaine Biologie-Santé mais également pour la recherche Agronomique animale et végétale ainsi que pour le domaine Environnement.

Analyses bioinformatiques :
La plateforme MGX de Montpellier prend en charge les prestations suivantes :
Analyse primaire
- Livraison des séquences brutes et des qualités associées
- Rapport de séquençage et contrôle qualité
- Recherche de contamination
- Filtrage et nettoyage des données
- Alignement des lectures contre une séquence de référence
Analyses secondaires
- ADN : Recherche de SNPs
- ADN : Recherche d’indels
- ADN : Annotation des variants
- ADN : Recherche de CNV
- ADN : Etude des régions méthylées
- ChIP-Seq : Recherche de sites de fixation
- ChIP-Seq : Annotation de sites de fixation
- RNA-Seq : Analyse d’expression différentielle
- RNA-Seq : Expression allélique
- Contextualisation : Enrichissement en termes Gene Ontology

Labels/ Démarche qualité :
Plateforme IBiSA. Certification ISO9001

En savoir plus :
www.mgx.cnrs.fr

Responsable de la plateforme :
Laurent Journot

Campus Arnaud de Villeneuve
Unité Mixte de Service BioCampus Montpellier (UMS 3426 CNRS-INSERM-UM1-UM2)
MGX – Montpellier GenomiX
c/o Institut de Génomique Fonctionnelle
141, rue de la cardonille
34094 Montpellier Cedex 5

Contact :
Laurent Journot
mgx@mgx.cnrs.fr
04 34 35 92 41


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