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pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de génomique fonctionnelle de Nice-Sophia Antipolis

La plateforme de génomique fonctionnelle de Nice Sophia Antipolis existe depuis 1999. Initialement orientée vers la conception, la fabrication et l’analyse de puces à ADN, elle a contribué à ouvrir cette nouvelle technologie à une large communauté, mettant à cette occasion en place un système d’information performant (Mediante), capable de gérer de grandes masses de données, et fonctionnant en production depuis plus de 10 ans. Tout en fournissant encore aujourd’hui un service d’analyse de puces à ADN s’appuyant sur la technologie développée par Agilent, son activité s’est principalement réorientée vers des services de séquençage à haut-débit (Illumina NextSeq500, Ion Torrent PROTON, Ion Torrent PGM), offrant dans ce contexte de nombreux types d’analyses des acides nucléiques, et une capacité pour analyser de grandes collections d’échantillons, y compris au niveau de la cellule unique. L’activité de routine concerne des applications comme le RNA-seq, le smallRNA-seq, le CHiP-seq, le CLIP-seq, le reséquençage, mais des projets spécifiques peuvent aussi être mis en place dans des domaines moins standards, comme le séquençage de novo de génomes, ou certains protocoles particuliers : riboSeq, capSeq,… La plateforme se compose de 4 ingénieurs wet lab et de 4 bioinformaticiens.

Equipements
Pré-séquençage : Nanodrop™, Bioanalyzer, Qubit®, CovarisS2, Ion Chef, NeoPrep
Analyse Single Cell : Fluidigm C1, Fluidigm Biomark
Séquenceur : Illumina NextSeq500,Ion Torrent PROTON, Ion Torrent PGM
Puces à ADN : High-Resolution Microarray Scanner Agilent, Station Affymetrix

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Démarche qualité
L’ensemble de l’activité de la plate-forme est certifié ISO9001 depuis 2006. Le développement du système d’information Médiante (http://www.genomique.info:8080/merge/index) permet à tous les collaborateurs de la plate-forme un suivi en direct du traitement de leurs échantillons et fournit un accès simplifié et un stockage pérenne de l’ensemble des résultats d’expériences.

Analyses bioinformatiques :
La plateforme de Nice prend en charge les analyses bioinformatiques et fournit automatiquement un rapport de séquençage intégrant une analyse d’expression différentielle et les contrôles qualités standard incluant :
- une analyse FastQC,
- un filtrage et un nettoyage des données,
- un alignement des lectures contre une séquence de référence (STAR, bowtie2, lifescope).

Analyse ADN
- Analyse de re-séquençage de Génome/Exome, alignement, recherche des SNPs, indels, variants structuraux, CNV, annotations et aide à la prioritisation des variants (Illumina Isaac, BWA/GATK best practices, VariantStudio),
- ChIP-Seq : recherche de sites de fixation, facteurs de transcription, marques d’histones, pol-II (MACS2, HOMER, Meme),
- Assemblage de novo de petits génomes < 50Mb (Abyss, Spades, Velvet, SOAP)

Analyse ARN
- RNA-Seq, analyse d’expression différentielle (normalisation et comparaison des contrastes) (DESeq2, package R bioconductor), annotation des résultats. Production d’un rapport d’expérience au format PDF/HTML permettant la synthèse générale des contrôles qualités de l’expérience et de l’analyse de l’expression différentielle
- SmallRNA-Seq : identification des espèces séquencées (miRNAs, piRNAs, snoRNAs, tRFs, ensembl ncRNAs, fRNAdb) via un pipeline standardisé faisant suite à un mapping en 2 phases STAR puis Bowtie2, détection et annotation des zones d’expressions non annotées (MACS2), analyse d’expression différentielle (normalisation et comparaison des contrastes) (DESeq2, package R bioconductor), annotation des résultats. Fourniture d’un rapport d’expérience au format PDF permettant la synthèse générale des contrôles qualités de l’expérience et de l’analyse de l’expression différentielle
- RNA-Seq de novo (normalisation khmer et assemblage trinity)
- RNA-seq single cell sur Ion Torrent Proton avec UMI, après isolement des cellules sur Fluidigm C1.

Les résultats sont stockés automatiquement sur le portail d’informations de la plateforme Médiante. Cela concerne notamment les fichiers .BAM d’alignement, les fichiers. BW de couverture et l’ensemble des fichiers de l’analyse secondaire et des analyses statistiques conduites en partenariat avec le collaborateur. Sur demande l’ensemble des données brutes sont également mises à disposition et une aide est fournit pour la soumission des données vers la base de données publiques GEO (Gene Expression Omnibus).

En savoir plus : http://www.genomique.info

Responsable de la Plateforme : Pascal Barbry (barbry@ipmc.cnrs.fr)

Responsable de la Production : Virgninie Magnone (magnone@ipmc.cnrs.fr)

Responsable de la Bioinformatique : Kevin Lebrigand (lebrigand@ipmc.cnrs.fr)

Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire du CNRS,
UMR7275, CNRS/Université de Nice-Sophia-Antipolis,
660, route des lucioles, 06560 Valbonne-Sophia-Antipolis.


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