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pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de séquençage GenomEast de Strasbourg

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Depuis son ouverture en 2000, notre plateforme offre aux chercheurs un accès aux technologies haut débit permettant d’étudier les génomes, leur expression et leur régulation. Nous offrons des services complets allant de la vérification de la qualité des échantillons de départ jusqu’à l’analyse des résultats obtenus, en suivant des procédures standardisées.

Nous offrons des services pour trois technologies complémentaires : séquençage haut-débit Illumina (HiSeq 4000), puces à ADN Affymetrix et systèmes Fluidigm Biomark - C1 Single-Cell Auto Prep. Nous réalisons en routine des analyses de ChIP-seq, DNA-seq, RNA-seq et small RNA-seq pour lesquelles nous proposons un large éventail de protocoles s’adaptant aux différentes qualité et quantité d’échantillons de départ et aux différents objectifs de ces analyses. Nous avons également développé des pipelines bioinformatiques dédiés à chaque application, permettant l’analyse des résultats correspondants. Grâce à la technologie Fluidigm, nous pouvons étudier l’expression des gènes à l’échelle de la cellule unique, par Q-PCR ou RNA-seq.

Equipements 
- Séquençage haut débit : Hiseq4000 Illumina
- Nanofluidique haut débit : Biomark et C1 Single-Cell Auto Prep systems Fluidigm
- Contrôle qualité : Flash Reader Varioskan , Qubit 2.0 Fluorometer, 2100 Bioanalyzer Agilent et Fragment Analyzer AATI
- Sonicateur : E220 AFA system Covaris
- Infrastructure informatique : calcul (Dell) : 304 cœurs, stockage (Isilon) : 325 To

Principales réalisations :
Au cours des 9 dernières années, nous avons acquis une solide expérience dans la préparation et l’analyse de données de ChIP-seq, RNA-seq, small RNA-seq, DNA-seq, CaptureBS-seq et MNAse-seq. A titre d’exemple, nous avons, en 2016, préparé et séquencé 600 librairies de ChIP-seq et plus de 1000 librairies de RNA-seq. Pour la préparation de librairies de RNA-seq, nous proposons un large éventail de protocoles dépendant de la quantité et la qualité du matériel de départ et des types d’ARN étudiés. Expert dans le domaine de l’analyse de données de ChIP-seq, nous avons développé le logiciel seqMINER permettant d’établir des corrélations qualitatives et quantitatives entre plusieurs jeux de données de ChIP-seq. Nous sommes co-auteurs de 69 publications de 2012 à 2016, principalement concernant des projets de ChIP-seq, RNA-seq, DNA-seq et d’analyses intégratives de données issues de plusieurs de ces applications. Depuis 2011, nous sommes impliqués dans un programme national de la Fondation Maladies Rares visant à identifier des gènes responsables de maladies rares en utilisant des technologies de séquençage haut débit comme le séquençage d’exomes, de régions ciblées, de génomes, de transcriptomes ou d’épigénomes, via les appels à projets « GenOmics : séquençage à haut débit & maladies rares ».

Analyses bioinformatiques :
Les bioinformaticiens de notre plateforme offrent un support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données, allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, en collaboration avec les porteurs de projets. Nous organisons également régulièrement des formations en analyse de données de séquençage haut débit. Nous avons développé des pipelines dédiés à l’analyse primaire des données ainsi qu’à l’analyse des données de DNA-seq, RNA-seq et ChIP-seq. Nous avons également mis en place GalaxEast (http://www.galaxeast.fr/), une instance locale de Galaxy ouverte à la communauté scientifique.

Certification qualité
La plateforme est certifiée ISO 9001 depuis janvier 2007 et NFX 50-900 depuis janvier 2016.

En savoir plus : http://genomeast.igbmc.fr/

Responsables de la plateforme :
Comité scientifique : Irwin Davidson, Philippe Kastner, Gérard Gradwohl et Jamel Chelly
Responsable opérationnel : Christelle Thibault-Carpentier

GenomEast platform
IGBMC UMR 7104 CNRS-UdS / INSERM U964
1, rue Laurent Fries,
67404 ILLKIRCH Cedex, France

Contact : Christelle Thibault Carpentier, thibault@igbmc.fr

dernière mise à jour le 17/05/2017


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