Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de séquençage de l’Institut Pasteur

La Genopole Pasteur est organisée autour de 5 plateformes assurant la production et l’analyse des données de séquençage haut débit : Génomique, Transcriptome et Epigénome, Génotypage des Pathogènes et Santé Publique, Génotypage des Eucaryotes, Bioanalyse Génomique. Elle propose un panel très large de technologies utilisant le séquençage haut débit : reséquençage, séquençage de novo, séquençage après capture, recherche de variants structuraux, recherche et caractérisation de nouveaux agents infectieux, analyse du transcriptome et de l’épigénome (ChIP-seq). En interaction avec le Centre d’Informatique pour la Biologie de l’Institut Pasteur, elle contribue également au développement de pipelines d’analyse et à l’analyse des données.

Equipements 
Séquenceur :
- Séquençage : 1 NextSeq 500 Illumina, 2 MiSeq Illumina, 1 Sequel Pac Bio
- Scanner : 1 Illumina et 1 Affymetrix
- Fragmentation ADN : Bioruptor

Principales réalisations :
La Genopole Pasteur réalise plus de 80 projets annuellement. La microbiologie et les maladies infectieuses constituent ses domaines majeurs d’activité. Cette plateforme réalise également des projets dans diverses thématiques en relation avec la santé humaine (biologie du développement, cancer) et les systèmes modèles (Saccharomyces cerevisiae et S. pombe)

Analyses bioinformatiques :
La plateforme de séquençage de l’Institut Pasteur prend en charge les prestations suivantes :

1. Séquençage génomique
Analyse primaire
- Livraison des séquences brutes et des qualités associées.
- Rapport de séquençage et contrôle qualité.
- Recherche de contaminants.
- Filtrage et nettoyage des données.
- Alignement des lectures contre une séquence de référence.
Analyses secondaires
- ADN : Assemblage de novo.
- ADN : Assemblage sur référence.
- ADN : Recherche de SNPs.
- ADN : Recherche d’indels.

2. Whole-Exome
Analyse primaire
- Livraison des séquences brutes et des qualités associées
- Rapport de séquençage et contrôle qualité
- Filtrage et nettoyage des données
- Alignement des lectures contre une séquence de référence
Analyses secondaires
- Whole-Exome.
- ADN : Recherche de SNPs et d’Indels, Annotation.

3. RNAseq
Analyse primaire
- Livraison des séquences primaires et des qualités associées.
- Prétraitement des données : trimming des adaptateurs, élimination des reads de mauvaise qualité...
- Mapping sur le genome de reference.
- Estimation de la qualité (pourcentage de reads alignant sur le génome, contamination par ribosomique...).
- Edition automatique de rapports d analyses primaires (fichiers PDF).
Analyses secondaires
- Normalisation.
- Analyses Differentielles (etablissement des listes de genes diff exprimes).
- Edition automatique de rapports d analyses statistiques (fichiers PDF).
- Calcul d enrichissement (ontologies et categories fonctionnelles).

4. ChiPseq et le MedIPSeq
Analyse primaire
- Livraison des séquences primaires et des qualités associées.
- Prétraitement des données : trimming des adaptateurs, élimination des rends de mauvaise qualité...
- Mapping sur le genome de reference.
- Estimation de la qualite (pourcentage de reads alignant sur le genome...).
Analyses secondaires
- Normalisation.
- Analyses Différentielles, calcul d enrichissement.

Labels/ Démarche qualité :
En cours de mise en place

En savoir plus :
PLATEFORME Génotypage des Eucaryotes
PLATEFORME Génomique

Responsable de la plateforme :
Sean Kennedy
Christiane Bouchier

Genopole - Institut Pasteur
28 Rue du Dr Roux,
75724 Paris Cedex

Contact : genopole@pasteur.fr


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