Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de séquençage Genomic Paris Centre – Site École normale supérieure

La plateforme Genomic Paris Centre a été créé en 1998 avec pour objectif 1) de rendre les technologies de génomique fonctionnelle accessibles aux laboratoires publics, 2) d’aider les chercheurs dans la gestion de leurs projets de génomique à haut débit et 3) de disséminer les approches à grande échelle à travers la communauté scientifique. Aujourd’hui la plateforme accompagne ses utilisateurs grâce au séquençage à haut débit en se spécialisant sur les applications de génomique fonctionnelle (RNA-Seq, ChIP-Seq, …) chez les eucaryotes.

Equipements 
La plateforme dispose de deux séquenceurs (un HiSeq 1500 et un NextSeq500) de la société Illumina et de l’ensemble des équipements nécessaires à leur fonctionnement et à la fabrication des banques pour le séquençage. Nous avons la capacité d’accompagner autour de 70 projets par an depuis la définition du dessin expérimental jusqu’à l’analyse et la publication des résultats.

Principales réalisations :
Notre plateforme accueille des projets de taille moyenne (autour d’une dizaine d’échantillons par projet) sur un nombre varié d’espèces eucaryotes modèles ou non (plus d’une vingtaine actuellement allant des champignons aux mammifères) avec des thématiques principalement liées au développement, aux neurosciences et aux régulations génétiques. Les projets que nous prenons en charge sont très souvent limités en termes de quantité de matériel de départ et nous avons maintenant développé une véritable expertise dans la prise en charge de ce type d’études.
Nous avons également une activité de développement d’outils bio-informatiques autour de l’analyse et du contrôle qualité automatisé des projets que nous traitons. Nous avons développé des solutions novatrices (Eoulsan et Aozan) à l’aide d’outils de distribution des calculs (cloud computing, MapReduce, Hadoop), de traçabilité et de mise à disposition du code source (GitHub et Docker).

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Analyses bioinformatiques :
La plateforme Genomic Paris Centre de l’IBENS prend en charge les prestation suivantes :
Analyse primaire
- Livraison des séquences brutes et des qualités associées.
- Rapport de séquençage et contrôle qualité.
- Recherche de contaminants.
- Filtrage et nettoyage des données.
- Alignement des lectures contre une séquence de référence.
Analyses secondaires
- CHiP-Seq : Recherche de sites de fixation (ChIP).
- RNA-Seq : Analyse d’expression différentielle.

Labels/ Démarche qualité :
La plateforme a été labellisée successivement RIO-RNG de 2002 à 2007 puis IBiSA en 2008 et 2010. Nous sommes actuellement investis dans la démarche qualité ISO 9001 et nous avons obtenu notre première certification en mars 2013.

En savoir plus :
http://www.genomique.biologie.ens.fr/

Responsable de la plateforme :
Stéphane LE CROM

Plateforme Genomic Paris Centre
Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS)
46 rue d’Ulm 75230 Paris Cedex 05, France

Organismes de tutelle : ENS, CNRS, Inserm.

Contact :
Stéphane LE CROM
sgdb@biologie.ens.fr - 01 44 32 39 76


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