Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

Accueil > Les plateformes de France Génomique > Plateforme de séquençage Genomic Paris Centre - Institut Curie

Plateforme de séquençage Genomic Paris Centre - Institut Curie

JPEG - 16.3 ko

La plateforme de séquençage de l’Institut Curie a été mise en place en 2007, et depuis sa création, elle n’a cessé d’accroître son débit et son expertise.
En lien direct avec les cliniciens de l’hôpital et les chercheurs, elle se caractérise par une grande diversité d’applications dans les trois principaux domaines du NGS et de la cancérologie. En génomique, il vous est proposé du reséquençage ciblé, de génome complet ou d’exome. En transcriptomique, du séquencage de mRNA, totalRNA et smallRNA. Enfin, en épigénomique, de l’analyse de méthylation de l’ADN, ChIP-seq et autres.

Equipements 
HiSeq 2000 (600Gb)
HiSeq 2500 (600Gb en High Output et 120Gb en Rapid Run)
2 x Ion Torrent PGM (10Mb-1Gb)
Ion Proton (10Gb)
LabChip GXII Touch
1 C1 Single-cell auto Prep system (Fluidigm) avec microscope à disposition

PNG - 381 ko

Principales réalisations 
En transcriptomique, nous réalisons près de 50 projets de séquençage par an ; aussi bien avec des collaborateurs externes qu’internes. En plus de l’analyse ARN totaux et ARN messagers en conditions standards, nous mettons au point d’autres protocoles permettant de réaliser des analyses à partir de faibles quantités de matériel.

En génomique, nous réalisons en plus du reséquençage de génome complet, des approches plus ciblées (exome ou design spécifique). En effet notre large panel de techniques de capture/amplification ciblée pourra très certainement répondre à vos attentes. Sur cette approche, nous réalisons notamment du reséquençage de gènes, de manière routinière, en diagnostique clinique (ex : BRCA1 et BRCA2). Nous pouvons aussi apporter notre aide pour développer ces techniques sur des échantillons en conditions limites : types ADN FFPE ou ADN tumoral circulant (ctDNA).

En épigénétique, nous avons une forte volonté de développement. Nous proposons d’ores et déjà notre expertise sur la construction de banques à partir d’ADN traité au bi-sulfite, permettant d’étudier la méthylation de l’ADN. De plus, nous sommes en partenariat avec le groupe Cambridge Epigenetix, afin d’offrir des approches plus complètes d’étude des modifications épigénétiques du génome.

Enfin, nous avons développé notre activité Single Cell dans le but d’ouvrir cette plateforme aux collaborateurs autonomes. Nous proposons une mise à disposition du C1 de Fluidigm afin d’isoler les cellules et d’en extraire ADNg ou cDNA, ainsi qu’un microscope performant assurant un gain de temps et de fiabilité dans le contrôle des plaques de capture

Labels/ Démarche qualité :
- IBISA
- Diagnostic médical

En savoir plus :

Responsable scientifique :
Alain Nicolas
Responsable de la plateforme :
Sylvain Baulande

Institut Curie, 26 rue d’Ulm 75248 Paris Cedex 05

Contact :
Alain Nicolas
Alain.Nicolas@curie.fr
01 56 24 65 20

Sylvain Baulande
Sylvain.Baulande@curie.fr
01 56 24 67 38


Toutes les versions de cet article : [English] [français]