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pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateformes de séquençage et de génotypage des centres de génomique du CEA

L’Institut de Biologie F. Jacob du CEA regroupe les deux centres nationaux de séquençage que sont le Genoscope (Centre National de Séquençage) et le CNRGH (Centre National de Recherche en Génomique Humaine)

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Expertise
Le Genoscope s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de metagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.

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Le CNRGH se focalise au contraire sur la génétique humaine : génotypage, reséquençage, transcriptomique et/ou épigénomique à grande échelle pour l’identification et l’analyse de variants associés à de grandes pathologies ou à des maladies rares.

Équipement
Genoscope
- Séquençage : 1 NovaSeq Illumina, 2 HiSeq 4000 Illumina, 2 HiSeq 2500 Illumina, 2 MiSeq Illumina, 6 MinION Oxford Nanopore Technologies, 1 PromethION Oxford Nanopore Technologies
- Cartographie optique : 1 Irys Bionano Genomics, 1 Saphyr Bionano Genomics
- Robotique : 3 Biomek FXP Beckman Coulter, 2 Freedom Evo Tecan, 1 Liquid Handling Station Brand
- Fragmentation ADN : 1 E220 Covaris, 1 Megaruptor Diagenode

CNRGH
- Séquençage :1 NovaSeq Illumina, 5 Hiseq X Illumina, 1 HiSeq 4000 Illumina, 3 HiSeq 2500 Illumina, 1 NextSeq5000, 2 MiSeq Illumina, 8 MinION Oxford Nanopore Technologies, 1 Promethion Oxford Nanopore Technologies, 1 Proton Ion Torrent, 1 PGM Ion Torrent
1 Chromium 10X Genomics
- Robotique : 4 Bravo-Working Station Agilent, 7 Freeddom Evo Tecan, 3 Janus Perkin Elmer,1 Zephyr Perkin Elmer, 3 Sciclone NGSx Perkin Elmer, 1 Epimotion Qiagen
- Fragmentation ADN :1 E220 Covaris, 1 LE220 Covaris
- Génotypage :3 iScan Illumina
- Extraction automatique d’ADN : 1 Autopure LS Qiagen

Outils informatiques
80 serveurs de calcul dont un avec 1 To de RAM, stockage NAS 1 Po (Netapp + Isilon), sauvegarde et archivage sur robotique avec cartouches LTO-4 et LTO-5.

Pour la réalisation de ses projets, Genoscope et CNRGH s’appuient sur des ressources et compétences importantes en bio-informatique et bio-analyse (LIS et LABIS, plateforme MicroScope) qui font partie intégrante des plateformes et de leurs capacités mises au service de la communauté.

Principales réalisations
Le Genoscope a participé au projet Génome Humain (Chr. 14), au séquençage de plantes (algues, vigne, bananier, arabette, riz, cacaoyer...), d’animaux (tétraodon, anophèle...), de champignons (truffe, champignon pathogène du colza, Leptosphaeria maculans) et a séquencé plus d’une cinquantaine de génomes procaryotes. Le Genoscope a également pris en charge plus de 650 projets au service de la communauté scientifique nationale. Pour ses projets de recherche, le Genoscope se consacre à la génomique des micro-organismes de l’environnement : protistes marins (projet TARA Océans), flores bactériennes du tube digestif humain, et celles impliquées dans l’épuration des eaux.
Le CNRGH participe quant à lui à de grands programmes européens tant pour les développements technologiques que pour l’étude des maladies. Il est impliqué dans la réalisation de grands programmes nationaux tels que le programme « Alzheimer » financé par la fondation Alzheimer adossée à l’Inserm. Les équipes du CNRGH ont entrepris plus de 200 projets de recherche émanant d’environ 300 laboratoires français et de plus de 60 laboratoires étrangers. Pour l’ensemble de ses activités, le CNRGH a participé depuis sa création à plus de 500 publications.

Certification / Assurance qualité
Systèmes Informatiques de Gestion de Laboratoire (LIMS) dédiés pour les différentes plateformes, pipelines d’analyse primaire automatisés avec CQ intégré.

Resposables de la plateforme
Arnaud Lemainque , Anne Boland

CEA / DRF / Institut de Biologie F. Jacob
Genoscope & CNRGH
2 rue Gaston Crémieux
CP5706
91057 Evry cedex (France)

Contacts
alemainque@genoscope.cns.fr,
boland@cng.fr

En savoir plus
www.genoscope.cns.fr (Genoscope)
www.cnrgh.fr (CNRGH)

mise à jour : 2018


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