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Plateformes de séquençage et de génotypage des centres de génomique du CEA

L’Institut de Biologie F. Jacob du CEA regroupe les deux centres nationaux de séquençage que sont le Genoscope (Centre National de Séquençage) et le CNRGH (Centre National de Recherche en Génomique Humaine)

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Le Genoscope s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de metagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.

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Le CNRGH se focalise au contraire sur la génétique humaine : génotypage, reséquençage, transcriptomique et/ou épigénomique à grande échelle pour l’identification et l’analyse de variants associés à de grandes pathologies ou à des maladies rares.

Équipements :
- Séquençage : 5 HiSeq X Illumina, 3 HiSeq 4000 Illumina, 5 HiSeq 2500 Illumina, 1 NextSeq 500 Illumina, 4 MiSeq Illumina, 13 MinION Oxford Nanopore Technologies, 1 PrometION Oxford Nanopore Technologies,1 Chromium 10X Genomics, 1 Ion Proton Life Technologies, 1 Ion PGM Life Technologies.
- Génotypage : 3 iScan Illumina.
- Mass Spectrometer : 1 Mass Array System Agena.
Robotique : 8 Evo II Tecan, 1 Multiprobe II Packard, 1 Janus Perkin Elmer, 1 Zephyr Perkin Elmer, 3 FXP Beckman, 2 Bravo-Working Station Agilent, 3 Sciclone NGSx Perkin Elmer, 2 Sciclone G3 Perkin Elmer .
- Fragmentation ADN : 2 E220 Covaris, 2 LE220 Covaris.
- Extracteur automatique d’ADN : 1 Autopure LS Qiagen .
- Informatique : 80 serveurs de calcul dont un avec 1 To de RAM, stockage NAS 1 Po (Netapp + Isilon), sauvegarde et archivage sur robotique avec cartouches LTO-4 et LTO-5.

Pour la réalisation de ses projets, Genoscope et CNRGH s’appuient sur des ressources et compétences importantes en bio-informatique et bio-analyse (LIS et LABIS, plateforme MicroScope) qui font partie intégrante des plateformes de l’Institut et de ses capacités mises au service de la communauté.

Principales réalisations :
Le Genoscope a participé au projet Génome Humain (Chr. 14), au séquençage de plantes (algues, vigne, bananier, arabette, riz, cacaoyer...), d’animaux (tétraodon, anophèle...), de champignons (truffe, champignon pathogène du colza, Leptosphaeria maculans) et a séquencé plus d’une cinquantaine de génomes procaryotes. Le Genoscope a également pris en charge plus de 650 projets au service de la communauté scientifique nationale. Pour ses projets de recherche, le Genoscope se consacre à la génomique des micro-organismes de l’environnement : protistes marins (projet TARA Océans), flores bactériennes du tube digestif humain, et celles impliquées dans l’épuration des eaux.
Le CNRGH participe quant à lui à de grands programmes européens tant pour les développements technologiques que pour l’étude des maladies. Il est impliqué dans la réalisation de grands programmes nationaux tels que le programme « Alzheimer » financé par la fondation Alzheimer adossée à l’Inserm. Les équipes du CNRGH ont entrepris plus de 200 projets de recherche émanant d’environ 300 laboratoires français et de plus de 60 laboratoires étrangers. Pour l’ensemble de ses activités, le CNRGH a participé depuis sa création à plus de 500 publications.

Labels / Démarche qualité :
Systèmes Informatiques de Gestion de Laboratoire (LIMS) dédiés pour les différentes plateformes, pipelines d’analyse primaire automatisés avec CQ intégré.

En savoir plus :
www.genoscope.cns.fr (Genoscope)
www.cnrgh.fr (CNRGH)

Resposables : Patrick Wincker , Jean François Deleuze

CEA / DRF / Institut de Biologie F. Jacob
Genoscope & CNRGH
2 rue Gaston Crémieux
CP5706
91057 Evry cedex (France)

Plateformes de séquençage et de génotypage

Contact : pierre.le-ber@cea.fr, pwincker@genoscope.cns.fr,
deleuze@cng.fr


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