Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de séquençage GEH

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La plate-forme GEH est rattachée à l’Université et au CHU de Rennes ainsi qu’au CNRS. La plate-forme bénéficie d’un environnement scientifique mêlant le domaine de l’écologie au domaine de la santé offrant des réflexions originales et des transferts de connaissance et de savoir-faire réciproques aux 2 domaines.
Le personnel est composé de 3 ingénieurs pour les expérimentations et de 1 bioinformaticien pour l’analyse des données générées par la plateforme.

Expertise
La plate-forme GEH propose la réalisation et l’accompagnement de projets de séquençage, de la préparation des librairies jusqu’à l’analyse primaire bio-informatique des données générées par les équipements dédiés aux NGS (Next Generation Sequencing). Nous proposons également la mise à disposition d’équipements de pointe aux utilisateurs, préalablement formés.
Elle réalise également des projets de PCR quantitative haut-débit grâce au système smartchip de Takara, travaillant sur des plaques de 5184 puits. Cette technologie permet également le génotypage ainsi que la préparation de librairies d’amplicons en haut-débit.
Depuis 2019, la Plate-forme GEH démarre la distribution de cellules uniques grâce à l’équipement CellenOne, qui permet notamment d’éviter les doublets. Les développements pour préparer efficacement les librairies Single Cell se feront courant 2019.

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Principaux projets et réalisations
- Préparation de banques et séquençage : métagénome (DNAseq), Transcriptome, métatranscriptome (RNAseq), Amplicon, Epigénétique (ChIP-Seq, Methyl-Seq), ADN capturé, Single Cell (développement en cours 2019)
- Projets Très Haut débit : Gene Expression (qPCR), Genotypage et Target Enrichment (amplicon « one step PCR »). Puce 5184 puits pour analyser jusqu’à 384 échantillons ou cibles.
- Diversité microbienne : 16S, 18S, Archées à très Haut débit (jusqu’à 384 échantillons en une étape)
- Développement d’analyses bioinformatiques spécifiques à un projet ou une application sur un mode collaboratif.
Des développements originaux non listés ci-dessus sont en cours pour élargir encore l’offre de séquençage. N’hésitez pas à contacter la plateforme.

Equipement
- Séquençage : 2 MiSeq - Illumina, Hiseq 1500 - Illumina
- Haut débit - qPCR/ Genotypage/ amplicon : Smartchip Real Time PCR - Takara/Wafergen (jusqu’à 384 échantillons ou cibles sur 1 puce)
- Distribution de Cellules uniques : CellenOne – Cellenion.
- Digitale PCR/ genotypage : EP1 - Fluidigm
- Robotique : BRAVO - Agilent, Biomek NXᴾ Span8 - Beckman
- Autres : Fragment Analyser et BioAnalyser – Agilent, Covaris M220, LabChipXte - Caliper, LC 480 -Roche, thermocyclers, et autres instruments satellites de biologie moléculaire

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Certification / Assurance qualité
Certification ISO9001 depuis 2012, version 2015 depuis Décembre 2017.

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Labels
Labélisation IBiSA depuis avril 2012.

Responsables de la plateforme
Responsable Scientifique :
Philippe Vandenkoornhuyse
philippe.vandenkoornhuyse@univ-rennes1.fr
Jean Mosser
jean.mosser@univ-rennes1.fr

Contacts
genomics@univ-rennes1.fr
Tel : 0223235127 (Campus de Beaulieu)
Tel : 0223234576 (Campus de Villejean)

En savoir plus
https://geh.univ-rennes1.fr/

mise à jour : Fevrier 2019