Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Le développement et la veille technologique

Face à l’évolution rapide et permanente des technologies et méthodologies dans le domaine de la génomique, un des objectifs prioritaires de France Génomique est de permettre à la communauté scientifique française de bénéficier à tout moment des dernières avancées et de participer à ces développements.
Par ailleurs, la diversité des plateformes partenaires de France Génomique permet de couvrir une très importante variété d’expertises spécifiques pour différentes technologies et applications du séquençage à haut débit, qui doivent être capitalisées, mises en phase avec les besoins actuels et futurs, et partagées.
Être en permanence à la pointe des progrès de la génomique implique d’investir de façon optimale les moyens humains et financiers nécessaires pour évaluer, comparer et acquérir les équipements et les méthodes les plus performants. Pour cela, France Génomique a constitué, en collaboration avec les organismes de recherche publics impliqués, des groupes de travail qui se consacrent essentiellement à la veille technologique et aux développements innovants (séquençage et bio-informatique), tâches dont les fruits doivent bénéficier non seulement aux partenaires de France Génomique, mais aussi à l’ensemble de la communauté scientifique.

Dans un premier temps, il s’agit d’établir un programme de mise à niveau des plateformes de France Génomique, puis une stratégie pérenne et des actions indispensables au maintien des performances de l’infrastructure et de la compétitivité de la recherche française. Les priorités sont définies chaque année par le comité exécutif et les comités scientifiques de France Génomique. Les premiers travaux des groupes de travail concerneront, entre autres, le séquençage de novo, le reséquençage et l’analyse des polymorphismes, la transcriptomique (RNAseq...), l’épigénomique (ChIPseq, MEDIPseq...).
Les développements de protocoles et de pipelines d’analyse bio-informatique pour des technologies déjà en place sont réalisés au sein des plateformes possédant la plus grande expertise dans le domaine concerné ; l’évaluation et le benchmarking des nouvelles technologies de séquençage (troisième génération), qui demandent des investissements conséquents, sont réalisés à l’Institut de Génomique d’Évry, pour être diffusés à l’ensemble de la communauté France Génomique.


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