Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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La plateforme de Génomique et Bioinformatique GenoBiRD

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Depuis la révolution qu’ont apportées les techniques de séquençage à haut débit, l’étude des génomes, qu’elle soit structurelle ou fonctionnelle, est devenue plus facile, plus rapide et moins couteuse. Ces technologies de pointe s’accompagnent d’un déluge de données qu’il faut savoir analyser avec des outils adaptés. Ces deux expertises (génomique et bioinformatique) doivent constamment rester en phase pour suivre l’évolution extrêmement rapide des technologies.

Grâce aux compétences d’un personnel dédié et hautement qualifié, GenoBiRD est reconnue pour ses qualités techniques et d’analyse pour les applications suivantes :
- Séquençage massif
- Génotypage haut-débit
- Puces à ADN
- Séquençage capillaire

L’infrastructure de Génomique et Bioinformatique GenoBiRD comprend deux modules :
- La plate-forme Génomique de Nantes, grâce aux compétences d’un personnel dédié et hautement qualifié, conseille, propose et développe des prestations de génomique : séquençage haut-débit (génomes, exomes, capture de gènes...), génotypage haut-débit, étude du transcriptome (RNA-Seq, DGE-Seq et puces à expression), et séquençage capillaire.
La plateforme propose également une mise à disposition de ressources après formation et habilitation.

- La plateforme de bioinformatique BiRD, co-dirigée par l’institut du thorax et le LS2N, emploie six ingénieurs bioinformaticiens.
BiRD conseille, propose et développe des services et bioinformatique : analyse de données de séquençage et génotypage à haut débit pour la détection de variants, étude du transcriptome (RNA-Seq et puces à ADN). Pour toutes ces applications, BiRD possède une expertise dans l’analyse de données à grande échelle et a développé des pipelines d’analyse bioinformatiques dédiés permettant de standardiser l’analyse depuis les données brutes jusqu’à l’interprétation biologique.
Ces services sont supportés par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée directement connectée aux séquenceurs, accessible à distance à travers plusieurs services et ouverte à la communauté scientifique quelque soit sa tutelle.

Ces services en génomique et bioinformatique sont ouverts aux académiques et aux laboratoires privés.

Offre de Service

- Prestation en Conduite de Projet dans le domaine de la Génomique allant de l’expérimentation à l’analyse des données
- Mise à disposition de ressources (Equipements et Informatiques)
- Formations

> Prestation en Conduite de Projet en Génomique
• Réalisation d’un projet uniquement par une approche expérimentale
• Réalisation d’un projet d’analyse bioinformatique des données
• Réalisation d’un projet par une formule complète alliant l’expérimentation et l’analyse
Les multiples applications en génomique et bioinformatiques ne sont pas limitées en termes d’espèces étudiées. Elles peuvent s’appliquer dans les domaines de la mer, de l’agronomie, de l’environnement et de la santé.

> Mise à disposition de Ressources
GenoBiRD met à votre disposition différents types de ressources :
- Des équipements de pointe pour réaliser vos expérimentations
- Une infrastructure informatique de haute performance, outillée et sécurisée pour le calcul et l’hébergement de vos données scientifiques. L’environnement logiciel évolue en permanence avec l’ajout régulier de nouveaux outils en fonction de vos demandes.

> GenoBiRD vous accompagne pour l’utilisation des ressources en vous proposant une formation.

Expertise :
Séquençage Massif et Analyse des données jusqu’à la détection de variations génétiques pour l’étude :
- de génomes entiers
- d’exomes
- de gènes de région ciblés

Génotypage haut-débit
- Puces Affymetrix Axiom (Station GeneTitan)
- Analyse primaire des données

Etude du transcriptome
- RNA Sequencing (NGS)
- Microarrays (Puces à ADN)
- Analyse primaire des données jusqu’à la détection de gènes différentiellement exprimés annotés

Détection de mutations
Séquençage de produits de PCR

Equipements :
- Sequençage : MiSeq Illumina, Hiseq 2500 Illumina
- PCR quantitative : LightCycler480, Roche
- Contrôle qualité d’acides nucléiques (ADN, ARN, produits de PCR, Librairies, …) : Bioanalyzer2100 Agilent, TapeStation2200 Agilent
- lecture de Microarrays haute-densité (tout type de support adaptable) : Scanner InnoScan900, Innopsys

Ressources Informatiques
Cluster de calcul :
- 560 cœurs de calcul, 1.4 To de RAM, 400 To de stockage
- environnement logiciel : BiRDCluster possède de nombreux outils bioinformatiques dédiés aux différents domaines de la génomique (NGS, génotypage, GWAS, biologie des systèmes, métagénomique…)
- accès authentifié (SSH) pour le lancement d’analyses complexes ou le développement
- portail web Galaxy

Formations
GenoBiRD organise des formations ouvertes aux personnels des laboratoires de recherche publics et privés.
- Analyse de données RNAseq sous GALAXY (3 jours)
- Introduction au langage de programmation R (1 jour)
- Introduction à Linux (1 jour)
Chaque formation est composée d’une partie théorique et de travaux pratiques.

Certification / Assurance qualité
En démarche qualité selon le référentiel ISO9001, v2015
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Labels
Plateforme IBiSA.
La plateforme de bioinformatique (BiRD) fait partie de l’infrastructure de recherche nationale IFB.

Responsables de la plateforme

Plateforme Génomique Plateforme Bioinformatique
Responsables scientifiques Richard Redon
Solena Le Scouarnec
Richard Redon
Jérémie Bourdon
Responsables techniques Françoise Gros
Stéphanie Bonnaud
Audrey Bihouée

IR SUN,
Institut du thorax
8 quai Moncousu
44007 NANTES

Contacts
pf-genomique@univ-nantes.fr
pf-bird@univ-nantes.fr

En savoir plus
www.pf-genomique.univ-nantes.fr
www.pf-bird.univ-nantes.fr

mise à jour : 2017


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