Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de bio-informatique URGI

Les domaines de compétence et d’expertise de la plateforme sont axés principalement sur :
- développement d’interface (Java J2EE)
- développement de pipelines d’analyses (Python)
- bases de données (PostgreSQL, MySQL)
- technologies NoSQL (ElasticSearch, SolR)
- intégration de données (ETL Talend) dans des domaines aussi variés que la génomique et la génétique (génome annotation, RNA-Seq, polymorphisme, génétique d’association, phénotype, ressources génétiques)
- analyse des génomes (structure et dynamique)
o Analyse du polymorphisme (SNP, variants structuraux)
o RNA-Seq
o annotation de gènes (structurale et fonctionnelle)
o annotation des répétitions

Equipements
Un cluster de calcul : 888 cores
6 serveurs dédiés (Web, bases de données : (PostGreSQL, MySQL), développement du système d’information GnpIS, NFS pour la gestion des disques, gestion des sauvegardes, machines virtuelles)
Une salle serveurs avec climatisation et sécurité anti-incendie (UPS), des unités de stockage (NAS, DAS), des robots de sauvegardes, connectivité au réseau internet : 1 Gb/sec.

Principales réalisations 

- GnpIS : un système d’information pour la génétique et la génomique des plantes et des champignons.
- REPET : package de détection, classification et annotation de répétitions (Elément transposable, satellites...) https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET
- S-MART : Boite à outils pour manipuler des données NGS, en particulier de type RNA-Seq, ChiP-Seq https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/S-Mart
- Portail Galaxy de l’URGI : Serveur d’outils en ligne dont certains développés à l’URGI.
o outils de la boite à outil S-Mart - https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/Galaxy
o Workflows d’analyse d’expression différentielle (RNA-seq) ou d’analyse de polymorphisme (SNP, variants structuraux)

Projets  :
https://urgi.versailles.inra.fr/Projects

Labels/ Démarche qualité  :
certification ISO 9001 (octobre 2012), IBISA, IFB, INRA CNOC (stratégique)

En savoir plus :
https://urgi.versailles.inra.fr

Responsables de la plateforme :
Responsable scientifique : Anne-Françoise Adam Blondon
Responsable opérationnel : Joëlle Amselem

Contact :
urgi-contact@versailles.inra.fr

Unité de Recherches Génomique Info (URGI)
Centre INRA de Versaillles, Bât 18
RD 10, Route de St Cyr
78000 Versailles


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