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Eoulsan : a workflow manager and a framework facilitating high throughput sequencing analyses

Eoulsan est un framework open-source développé par la plateforme génomique GenomicParisCentre de l’IBENS (Institut de Biologie de l’École normale supérieure), qui permet d’analyser de grandes quantités de données de séquençage à haut débit de manière reproductible. Particulièrement adapté aux plateformes de service, ce gestionnaire de workflows automatise l’analyse d’un grand nombre d’échantillons par l’utilisation d’un premier fichier contenant les étapes de l’analyse (et leurs paramètres) et d’un second fichier décrivant le dessin expérimental. Enfin, il s’applique à un large éventail d’infrastructures informatiques : cluster Hadoop, cluster de calcul ou station de travail.

Disponibilité et implémentation : Eoulsan est implémenté en Java pour des systèmes Linux, et distribué sous licences GNU LGPL et CeCILL-C.

Site web : http://www.outils.genomique.biologie.ens.fr/eoulsan/

Le code source d’Eoulsan est disponible sur GitHub :
https://github.com/GenomicParisCentre/eoulsan

Contact :jourdren@biologie.ens.fr
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