Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

Accueil > Les plateformes de France Génomique > Plateforme de Bio-informatique CBiB

Plateforme de Bio-informatique CBiB

JPEG - 109.6 ko

L’équipe du Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) intervient à la frontière entre les sciences du vivant et l’informatique - statistique. Sa spécialité est la collecte, l’intégration, le croisement et l’analyse des données "omics". L’exigence d’analyser les données de grande volumétrie de façon rapide et fiable, amène le CBiB à développer les méthodes de type « Big Data ». Pour ce faire, le CBiB réunit les compétences nécessaires en bioinformatique et en informatique ; le centre est équipé de moyens de calcul et stockage adaptés, en cohérence avec les équipements régionaux (le Mésocentre de Calcul Aquitain - MCIA), l’infrastructure nationale de Bioinformatique (Investissement d’Avenir, Institut Français de Bioinformatique - IFB) et l’Infrastructure Européenne ELIXIR

Expertise
• Analyse et intégration de données "omics"
• Développement d’analyses spécifiques
• Développement de pipelines et méthodes bioinformatiques
L’expertise de la plateforme est particulièrement reconnue en algorithmique, intégration de données biologiques à haut débit, leur analyse et visualisation. Que ce soit dans des grands projets ou encore pour des expertises particulières l’équipe possède la compétence, les équipements et la capacité d’étudier la complexité des systèmes biologiques.

Les services proposés par le CBiB sont les suivants :
• Analyses standards et à façon de données biologiques
• Mise en place d’approches "Big Data"
• Développement et maintenance de bases de données biologiques
• Développement de l’infrastructure et de logiciels bioinformatiques, en particulier pour les données de NGS
• Analyse et conseils personnalisés pour des projets de bioinformatiques
• Mise en place de projets collaboratifs avec des équipes de recherches
• Ateliers et formations sur différentes thématiques de bioinformatique

JPEG - 4.1 Mo

Equipement
Stockage
• Un stockage pour la production sur IBM Spectrum Scale, 300To utile
• IBM Spectrum Scale (ex-GPFS) composé de 2 nœuds GPFS [Dell R730] + JBOD [Dell MD3460]
• Un stockage pour la sauvegarde basé sur ZFS, 50To (répliquée sur un site distant)
• Un système de stockage distribué. Projet MCIA-iRODS.
Calcul
• Cluster cortex
• Total de 25 nœuds de calcul, 512 cœurs, 7.2To RAM
• 24 nœuds de calcul standard, Dell R630 (20 cœurs, 256 Go RAM)
• 1 nœud de calcul "big memory", Dell R630 (32 cœurs, 1To RAM)
• 2 nœuds de login, Dell R630 (20 cœurs, 256 Go RAM)
• Portail Galaxy, 1 serveur DELL PowerEdge R910 (32 coeurs/64 threads, 128Go RAM, 800 Go d’espace disque)
Virtualisation
• Cluster VMware
• 2 serveurs DELL PowerEdge R905 (16 coeurs, 64 Go RAM)
Réseau
• Accès Internet 1 Gbits/s (partagé) fournit par l’Université de Bordeaux
• LAN Intel Omni-Path (données), 100Gbit/s
• LAN Ethernet (administration), 10 Gbits/s
• SAN FiberChannel 4 Gbits/s
Infrastructure d’hébergement
• Salle 28m²
• Confinement allée chaude
• Groupe Froid + "Free Cooling" ( 50% du temps)
• Echangeurs thermiques air/eau (réseau d’eau à 15°C)
• Onduleur à tolérance de panne d’une capacité de 48kW N+1
• Supervision de la salle (température, hygrométrie, fuite eau, consommation par prise, onduleur, groupe Froid, LCP)

JPEG - 768 ko

Certification / Assurance qualité
Certifiée ISO9001 depuis 2012, et NFX 50-900 depuis 2017
JPEG - 7.6 ko

Labels
Plateforme IBiSA

Responsables de la plateforme
Macha Nikolski (Directrice)
Alexis Groppi (Directeur adjoint)

CBiB
146 rue Léo Saignat
33076 Bordeaux cedex

Contacts
Macha Nikolski : macha.nikolski@u-bordeaux.fr , Tel : 05 57 57 12 47
Alexis Groppi : alexis.groppi@u-bordeaux.fr , Tel : 05 57 57 12 18

En savoir plus
https://www.cbib.u-bordeaux.fr/fr

mise à jour : 06/02/2018


Toutes les versions de cet article : [English] [français]