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Séquençage "Mate Pair"

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La préparation de banques en « mate pair » est conçue de façon à permettrele séquençage « en paire » de deux extrémités d’un fragment d’une taille d’origine de plusieurs kilobases. La Figure ci contre montre la préparation d’une banque mate pair pour le séquençage Illumina. Depuis début 2013, cette préparation est faite sur la base de la technologie Nextera. L’enzyme tagmentase fragmente l’ADN à des tailles comprises entre 2 et 15 kb et lie un adaptateur de circularisation. On peut sélectionner la taille des fragments par migration sur gel d’agarose 0,7% ou par pulse field . L’ADN est ensuite circularisé de façon à rapprocher les extrémités. Au point de jonction, une biotine est ajoutée et les constructions circularisées sont cassées mécaniquement en fragments de 200 à 700pb. Les fragments contenant les extrémités sont ensuite récupérés grâce à une sélection sur billes streptavidine magnétiques qui permet de sélectionner les fragments contenant la biotine. Les fragments ainsi sélectionnés sont ensuite soumis à une construction de banque classique.

Les plateformes à contacter pour la prise en charge de projets de séquençage "mate pair"  :
Génoscope, Pasteur, GeT, MGX, Gentyane


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