Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de bio-informatique de Montpellier

- Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression (SAGE)
- Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)
- Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq
- Analyse génomique : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
- Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques

Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)

Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq

Equipements
- serveur de calcul 124 gigaoctets de mémoire, 8 coeurs
- baie disque 30 teraoctets

Principales réalisations 
- logiciels : LoRDEC, CRAC, MPSCAN, GS_check, PermutMatrix
- projet génomique Ostreococcus tauri
- analyse des transcriptomes de Leucémies Myéloïdes Aiguës
- analyse des transcriptomes de cellules souches embryonnaires humaines

Labels/ Démarche qualité :
IBISA, RENABI, Cancéropôle Grand Sud Ouest

Responsable de la plateforme NGS :
Eric Rivals

Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM)
Institut de Biologie Computationnelle (IBC)
CNRS, Université de Montpellier 2

En savoir plus : http://www.atgc-montpellier.fr/ngs/

Contact :
Eric Rivals, atgc-hts@lirmm.fr,
tel : 04 67 41 86 64


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