Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plateforme de bio-informatique de Montpellier

Expertise
- Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression (SAGE)
- Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)
- Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq
- Analyse génomique : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
- Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques

Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)

Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq

Equipement
- serveur de calcul 124 gigaoctets de mémoire, 8 coeurs
- baie disque 30 teraoctets

Principales réalisations
- logiciels : LoRDEC, CRAC, MPSCAN, GS_check, PermutMatrix
- projet génomique Ostreococcus tauri
- analyse des transcriptomes de Leucémies Myéloïdes Aiguës
- analyse des transcriptomes de cellules souches embryonnaires humaines

Labels
IBISA
RENABI
Cancéropôle Grand Sud Ouest

Responsables de la plateforme
Eric Rivals

Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM)
Institut de Biologie Computationnelle (IBC)
CNRS, Université de Montpellier 2

Contacts
Eric Rivals, atgc-hts@lirmm.fr,
tel : 04 67 41 86 64

En savoir plus
http://www.atgc-montpellier.fr/ngs/

mise à jour : 2017


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