Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

Accueil > Les plateformes de France Génomique > Plateforme de Bio-informatique MicroScope

Plateforme de Bio-informatique MicroScope

La plateforme MicroScope est une infrastructure informatique dédiée à l’annotation et l’analyse comparative de génomes ou méta-génomes de microorganismes.
Développement d’outils destinés à l’annotation, à la génomique et au métabolisme comparatifs de génomes microbiens (bactéries et archées).
Organisation et gestion des données génomiques et métaboliques dans des structures de bases de données.
Développement d’interfaces Web pour les outils et la plateforme MicroScope.
Annotation de génomes nouvellement séquencés et ré-annotation de génomes.
Traitement de données NGS : projets polymorphisme (SNP) et transcriptomique (RNA-seq).
Formation à l’annotation et à l’analyse comparative de données génomiques et métaboliques.

Le service est ouvert à la communauté scientifique (http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope/about/services.php) et plusieurs types de projets peuvent faire l’objet de services : Genome, Métagénome, RNA-seq et évolution.

Equipements 
MicroScope bénéficie de l’infrastructure informatique du Genoscope et dispose de : stockage NAS (30 To) avec sauvegarde et archivage, un cluster de calcul (200 cœurs), deux serveurs de base de données et un serveur Web.

Principales réalisations :
Environ 4000 génomes microbiens annotés depuis 2002 avec actuellement un rythme d’intégration de 5 nouveaux génomes par jour.
MicroScope accompagne plus de 350 utilisateurs actifs par mois (2500 comptes utilisateurs, 1700 visiteurs uniques et 3900 annotations expertes par mois en 2014).
MicroScope a été citée plus de 450 fois depuis 2006. Au cours des 5 dernières années, une centaine de publications collaboratives ont été publiées.

Labels/ Démarche qualité :
La plate-forme MicroScope est labellisée IBISA depuis 2006.
Le LABGeM est certifié ISO 9001 : 2008 depuis janvier 2012 et NF X50-900 depuis janvier 2015. Ce certificat s’applique aux activités de recherche, développements et prestations de service.

En savoir plus : http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope/

Responsables de la plateforme : Claudine Médigue & David Vallenet

UMR CEA/CNRS UMR 8030/université d’Evry-Val-d’Essonne
LABGeM
CEA / Institut de Génomique / Genoscope
2, rue Gaston Crémieux 91057 EVRY Cedex - FRANCE

Contact :
mage@genoscope.cns.fr


Toutes les versions de cet article : [English] [français]