Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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bioinformaticien/ienne

La plateforme ProfileXpert (SFR Santé Lyon Est, www.profilexpert.fr) recherche un bioinformaticien /ienne pour travailler sur des données de génomique issues principalement du séquençage nouvelle génération (NGS). La mission principale sera de reconstruire et d’annoter de novo un génome eucaryote d’intérêt biotechnologique. Le/la candidate sera aussi amené(e), en missions secondaires, à participer à l’analyse de données issues de prestations réalisées par la plateforme (transcriptome, épigénome, régulome). Le/la candidate sera recruté(e) sur un CDD de un an avec possibilité de reconduction. Le poste est à pourvoir dès maintenant.
Formation souhaitée :
Niveau Bac+5 en Bio-informatique avec une expérience en assemblage et annotation de génomes de novo.
Compétences et expériences souhaitées :
-  Analyse de données issues de séquençage Illumina (majoritairement expression différentielle, recherche de SNP et identification d’altérations de l’ADN),
-  Techniques d’assemblage de séquences et d’annotation de génome de novo.
-  Language : Python, Perl, shell/bash, R. Connaissances en système d’exploitation Linux (Ubuntu)
Environnement et contexte de travail :
Le/la bioinformaticien(ne) recruté(e) aura la charge de tester plusieurs outils d’annotation de novo. Les données de séquençage du génome et du transcriptome de l’espèce étudiée sont d’ores et déjà disponibles de même que l’assemblage sous forme de contigs sur la plateforme et leur qualité validée.
Le bioinformaticien travaillera sur la plateforme ProfileXpert (Plateforme Ibisa et de France génomique) en collaboration avec d’autres bioinformaticiens et d’étudiants doctorants en charge de la reconstruction d’autres génomes eucaryotes. Il sera sous la responsabilité d’un ingénieur en bioinformatique et du directeur de la plateforme.
Pour postuler :
Envoyer un CV à Joel Lachuer : lachuer@univ-lyon1.fr