Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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e-Learning

Ateliers « 2 en 1 » Production et Analyses de données NGS

Le but de ces ateliers est de permettre d’appréhender les projets scientifiques ayant trait au séquençage de façon globale allant de la production de données à leur analyse. Ils concernent aussi bien les chercheurs, les personnels techniques que les étudiants présents dans les laboratoires.Retour ligne automatique
Les ateliers vont vous permettre de :
Connaître les spécificités des différentes technologies de séquençage et savoir laquelle est le mieux adapté à vos besoinsRetour ligne automatique
Réfléchir au schéma expérimental (nombre d’échantillons, profondeur de lecture et qualité de séquençage)Retour ligne automatique
Connaître les principales méthodes de préparation de librairies, leurs avantages et leurs inconvénientsRetour ligne automatique
Connaître les éléments permettant de planifier une expérience NGSRetour ligne automatique
Connaitre les limites d’analyse : que puis-je obtenir en fonction de mes données ? A quelle question biologique pourrais-je répondre en fonction des méthodes bioinformatiques et des caractéristiques des données obtenues ?

Atelier RNAseq

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Production des données : design expérimental, contraintes, possibilités techniques
Laurent Journot - MGX Montpellier GenomiX (Introduction par Kevin Lebrigand)



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Analyse secondaire : Contrôle qualité, filtrage, alignement, comptage, RNAseq de novo
Kévin Lebrigand - IPMC - Sophia-Antipolis


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Introduction au RNA-seq sur cellule unique / petite quantité
Kévin Lebrigand - IPMC - Sophia-Antipolis


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Analyse statistique des données de RNA-seq
Laurent Journot - MGX Montpellier GenomiX

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Atelier Génome Complet

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Production des données (design expérimental, contraintes, possibilités techniques selon l’organisme à séquencer, … etc)
Cécile Donnadieu - GeT-PlaGe – Toulouse


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Analyse bioinformatique des données : qualité, assemblage, contigs, scaffolds, finishing...etc
Christophe Klopp - GenoToul Bioinfo - Toulouse