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Plateforme de Séquençage Gentyane, Clermont-Ferrand

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La plateforme GENTYANE est rattachée à l’INRA (Centre de Clermont-Theix) et plus particulièrement au Département Biologie et Amélioration des Plantes (BAP). Elle a pour objectifs scientifiques :
(1) d’appuyer les recherches conduites dans les différentes équipes de l’UMR GDEC
(2) de réaliser des prestations de génotypage et séquençage pour le compte d’autres équipes INRA ou d’autres organismes publics et privés
(3) d’assurer une veille technologique permettant de mettre en place de nouveaux outils répondant mieux, plus rapidement et à un coût moindre aux attentes des utilisateurs.
L’équipe est composée d’ingénieurs et de techniciens, experts en génotypage et séquençage. Nous disposons d’un bâtiment avec toutes les sécurités : électrique, incendie et contrôle d’accès.

Principales réalisations
- Génotypage :
o SNP en technologie KASPar (Plaques 384 ou en microfluidique)
o SNP avec la technologie AXIOM (jusqu’à 675000 SNP en puce format 96 et jusqu’à 55000 SNP en puce format 384).
o Microsatellites sur séquenceur capillaire 96
- Séquençage : séquençage de novo, amplicons, reséquençage, séquençage en mate-pair
- Extraction d’ADN haut débit : La plateforme GENTYANE propose l’extraction automatisée d’ADN en chimie Sbeadex ou LifeStock (billes magnétiques) sur robot oKtopure avec un débit de 1536 échantillons par jour

Equipements
- Séquençage : MiSeq Illumina, Sequel Pacific Biosciences (livraison Fin Avril 2016)
- Génotypage : 3730xl DNA Analyzer, Biomark, JUNO, LightCycler 480, Genetitan
- Robotique : 3 Beckman FxP, 1 Biomek 4000, 1 Hamilton STAR, 1 Hamilton STARlet, oKtopure (LGC Genomics)
- Autres : Covaris M220, Tecan Infinite M1000, Agilent TapeStation

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Labels/ Démarche qualité
Plateforme IBiSA labellisée plateforme stratégique par l’INRA. Certifiée ISO9001 depuis 2012, et NFX50-900 depuis 2014.

En savoir plus http://gentyane.clermont.inra.fr/

Responsable de la plateforme Charles Poncet
Contact :
Charles Poncet
charles.poncet@clermont.inra.fr
04 73 62 48 54
Plateforme Gentyane
UMR INRA 1095 Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
5 chemin de beaulieu,
63039 Clermont Ferrand cedex