Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Plate-forme Génome-Transcriptome de Bordeaux

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Répartie sur trois sites géographiques en région bordelaise (Univ. Bordeaux Carreire, INRA Villenave d’Ornon et INRA Pierroton), la PGTB est née de la volonté de l’Université de Bordeaux et de l’INRA de mutualiser des compétences, des moyens technologiques et humains pour la communauté scientifique. Elle bénéficie du soutien de la Région Aquitaine, de l’Etat Français et du GIS-IBiSA (Infrastructures en Biologie Sante et Agronomie).

Expertise
- Séquençage NGS : séquençage de novo, re-séquençage, exome, transcriptome, séquençage ciblé (capture ou ampliSeq).
- Génotypage : SNP sur MALDI-TOF (Sequenom), SSR sur séquenceur capillaire , Taqman
- TILLING

Equipement
- Séquençage : 1 Miseq Illumina, 1 MinION Oxford Nanopore Technology, 1 Proton Ion Torrent PGM Ion Torrent
- Génotypage : ABI 3730, LICOR, Sequenom
- Autres : robotique (Hamilton), qPCR…

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Principales réalisations
Environ 100 projets réalisés chaque année depuis 2009 dans les domaines du séquençage, du génotypage et du TILLING. La PGTB apporte ses services et son savoir-faire pour des projets régionaux, nationaux et internationaux dans des domaines aussi variés que la santé, la recherche forestière, la vigne et le vin, la microbiologie, l’agronomie, l’environnement et la biologie de synthèse.

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Certification / Assurance qualité
Certifiée ISO9001-2008 et NFX 50-900.
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Labels
Plateforme IBiSA labellisée plateforme stratégique régionale par l’INRA.

Responsables de la plateforme
Responsables scientifiques :
Pascal SIRAND-PUGNET / Patricia FERGELOT
Responsables techniques :
Franck SALIN, Christophe HUBERT, Cécile BRES

Contacts
contact-pgtb@diff.u-bordeaux.fr

En savoir plus
http://www.pgtb.u-bordeaux2.fr/


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